1598年
丰臣秀吉去世后，把自己的宝座传给年幼的儿子
丰臣秀赖，而以
德川家康、
前田利家等“五大老”共同执政，并担任秀赖的监护人。可是他才一咽气，因为长年的对外战争所引发的政权内部矛盾立刻激化起来，以石田三成为首的文治派和以加藤清正、福岛正则等人为首的武断派就大打出手。德川家康巧妙地利用了两者之间的矛盾，帮助武断派攻击文治派，再度引发全日本的大动乱。
庆长五年（1600年）九月，家康统率以丰臣氏武断派为主力的东军杀向京都，
石田三成扛出
毛利辉元、
宇喜多秀家（宇喜多直家之子）等人为号召，集兵抵敌，双方在美浓国的关原地方展开了大会战，史称
关原合战。这可谓是日本古代史上记载可信的最大规模的阵地战，也是决定日本命运的一场恶战。
关原合战，东军
德川家康七万人，西军
石田三成八万余，就军事实力上来说，石田三成稳占上风，德川秀忠率领的本部精锐此时则还行进在遥远的东山道上，被
真田昌幸所阻拦，史称
第二次上田城合战，最终未能参加
关原合战。然而战斗的结果却大大出乎人们的意料之外，因为事先做了大量策反工作，战斗最激烈的时候，数位西军大名临阵倒戈，投向家康的阵营，于是西军全面溃败，石田三成等人被擒获后被斩首。
关原合战以后，
德川家康大力削弱反对自己的诸侯们的势力，西军中势力最强的
毛利辉元、
上杉景胜等大名都被大幅度削减了封地，家康本人及其亲信的领地因此也大规模膨胀。到了庆长八年（1603年）二月，德川家康终于请得圣旨，就任新的
征夷大将军，就此开创了长达265年的
江户幕府（幕府的统治机构设在江户城，也就是今天的东京）。
此时安居大坂城的
丰臣秀赖已经长大成人了，虽然他的身份已经从“天下人”沦落为了一个普通诸侯，即便如此，家康仍然不肯放过秀赖。为了斩草除根，家康以“方广寺钟铭事件”为借口发动了对丰臣氏的讨伐战。庆长十九年（1614年）十一月，家康亲自领兵进攻大坂城，是为“
大坂冬之阵”。次年（1615年）五月，再征大坂，是为“
大坂夏之阵”，终于迫使丰臣秀赖自杀，
丰臣氏灭亡，日本战国时代结束。（参见“
日本战国时代”词条）
当年七月，朝廷下诏改年号为元和，历史上称这一年为“元和偃武”，因为在
德川家康的努力下，不安定因素终于彻底扫平了，历史正式迈入新的和平的
幕府时代。
“元和偃武”延续了238年，直到1853年7月8日美国海军将领
佩里率领4艘战舰出现在江户湾，“黑船事件”爆发为止。“黑船事件”后，“元和偃武”宣告终结，日本进入动荡不安的
幕末时代（1853~1868），所以“元和偃武”也就成为日本古代史的最后一个阶段（“
黑船事件”后日本进入近代）。