支票虽为支付的工具之一，但在交易上也有充当保证的工具，即用于保证民事债务履行的情况。例如建筑商与土地所有人签订合建契约，为保证依约定履行建筑义务，有签发支票交付土地所有人的情况；建筑商依约履行合建契约时，土地所有人应返还收执的保证支票，建筑商违反合建契约时，土地所有人必须提示收执的保证支票。同样，承租人向出租人租赁汽车，为保证依约交还车辆、清偿租金费用时，
出租人应返还收执的保证支票，承租人违反合建契约时，出租人必须提示收执的保证支票。支票保证人，不是担保支票票载金额的兑现，而是以是否返还支票来担保其所系民事债务的履行。
保证支票，有在支票上记载“保证票”、“保证用”或其同义字样，例如“For Deposit Only”，也有不作任何记载的情况。保证支票，不管有无保证字样的记载，对付款人而言，视同与一般的支票无异。换句话说，付款人以保证字样的形式记载，不发生票据法上的效力，付款人对发票人与受票人之间的基础法律关系无审查之权利或义务为由，依通常的付款规则付款或退票。保证支票未经转让，由受款人提示请求付款，付款人付款后，发票人依基础法律关系对受款人有所主张，属于另外一回事。保证支票经受票人转让与执票人，然后由执票人提示请求付款人，付款人付款后，发票人以支票上有保证字样的记载为由，主张执票人恶意取得支票，援引其与受款人之间存在基础法律关系对抗执票人(我国台湾地区《票据法》第13条)，对执票人另作主张，也属于另外一回事。