专门存放经海关核准的保税货物的仓库称为保税仓库，海关对保税仓库及其所存货物的管理制度统称保税仓库制度

海关规定，保税仓库适用于存放供来料加工、进料加工复出口的料、件；经经贸部门批准寄售维修零配件，外商寄存、暂存货物，转口货物；供应国际航行船舶的燃料、零配件；免税品等。属于一般贸易性质的进口货物不允许存入保税仓库，也不允许在保税仓库中对所存货物进行加工，但可在海关监管下进行改变货物包装或加刷麦码。

保税仓库所存货物储存期限为1年。如因特殊情况可向海关申请延期，但延期最长不得超过一年，期满仍未转为进口也不复运出境的，由海关将货物变卖处理。

申请建立保税仓库应由保税仓库经理人持工商部门颁发的营业执照，填写《保税仓库申请书》，拧交验经贸主管部门批准经营有关业务的批件，向海关提出申请，海关派人员实地调查后，对符合条件的颁发《保税仓库登记证书》。所谓符合条件是指保税仓库应具有专门储存、堆放进口货物的安全措施，有健全的仓库管理制度和详细的仓库帐册；配合经海关培训认可的专职管理人员，保税仓库的经营者应具备向海关缴纳税款的能力。

保税货物在保税仓库所在地海关入境时，货主或其代理人应填写进口货物报关单一式三份并加盖“保税仓库货物”印章，注名此货物系存入某保税仓库，经向海关申报，查验放行后，一份由海关留存，二份随货带交保税仓库。保税仓库经理人应于货物入库后即在上述报关单上签收，一份留存，一份交回海关存查。

保税货物复出口时货主或其代理人应当填写出口货物报关单一式三份，并交验进口时由海关签印的报关单，向当地海关办理复运出口手续，经海关检查与实物相符合后签印，一份留存，一份发还，一份随货带交出境地海关凭此放行货物出境。

保税货物经海关核准转为进入国内市场销售时，由货主或其代理人按照一般贸易进口货物向海关办理有关手续并交纳关税和代征税，海关签印放行后在原进口后物报关单上注销。