净水渔业（Water purification fishery ），也称为保水渔业（Water conservation fishery ），是以水质改善为目的的渔业方式，实现的方式包括经典的生物操纵技术和非经典的生物操纵技术。鱼类是生态系统食物链的一部分，合理的渔业既能改善水质，又能获得经济效益。

鱼类是生态系统食物网的一部分，有些直接以进行光合作用的藻类为食，称为初级消费者，有些则以浮游动物为食，称为食浮游生物鱼类，而浮游动物则摄食浮游藻类，当然有些鱼类通过鳃粑过滤食物，包括藻类、浮游动物以及有机碎屑等等（如鲢、鳙），有些鱼类直接捕食其它鱼类，称为凶猛鱼类（如乌鱼、鲌、鳡等），有些鱼类以底栖动物为食（如青鱼、鲤等），有些还以大型维管束植物为食（如草鱼等）。

水质主要由营养盐（主要是N、P）的水平所决定，但在表征上，藻类的多寡是影响水的感官的重要因素，这两者也密切相关，一般来说，如果N、P水平高（也称为富营养化），则会导致藻类大量繁殖（常常爆发蓝藻水华，如滇池、太湖、巢湖），水色浑浊，有时伴随严重的异味，影响饮用水源，危害人类健康。

如果能利用水生态系统中食物网的营养关系，利用合理的渔业模式，降低藻类的密度，改善水的透明度，就称为净水渔业，或保水渔业。渔产品收获时，也能从系统中带走一部分N、P，因此，也能降低水体的N、P水平。

如果水体的营养水平很高，体积大的蓝藻水华发生严重，这时可利用鲢、鳙这样的滤食性鱼类直接牧食蓝藻，消除蓝藻水华的堆积与危害，譬如，在武汉东湖，利用鲢、鳙成功地控制蓝藻水华的发生超过30余年，有效控制蓝藻水华发生的鲢、鳙养殖密度约为50 g/m3，这也所谓的非经典生物操纵技术（图1红色箭头）。由于近几年鲢、鳙密度下降到了50 g/m3之下，2021年武汉东湖蓝藻水华再次大爆发，通过非经典生物操纵的运用，再次成功将蓝藻水华降低到了0%（2022年）。如果水体的N、P水平较低，一般是小型藻类占优势，这时滤食性鱼类难以直接摄食藻类，而浮游动物则能有效地摄食小型藻类，因此，合理的渔业方式应该是保护浮游动物（特别是枝角类），为此，应适当增大凶猛鱼类的放养，降低食浮游生物鱼类的密度，以增加大型枝角类的密度，以便有效降低藻类的密度，改善水质，这就是欧美流行的经典生物操纵技术（图1绿色箭头）。

在N、P水平不高的水体（如千岛湖等），水质处于临界变化的时期，如果出于商业的目的一定要主养滤食性鱼类，鳙的比例也不宜太高，放养量要适度，因为鳙的食物中浮游动物的比例比鲢要高得多，这样可以降低鳙对枝角类的捕食压力，从而减少对水质的负面效应。

在净水（保水）渔业中，如何合适地选用哪一种生物操纵方式其实还需要进一步探索，特别是处于中等营养水平的水体尤其如此。但渔业与水质并不是绝对对立的关系，在不投饵的情况下，利用好生态系统中的营养关系，合理的渔业既能获得不错的经济效应，还能具有改善水质的作用。

1975年，Shapiro等首次提出了通过对水生生物群及其栖息地的一系列调节来改善水质的生物操纵（biomanipulation）概念，也称为经典的生物操纵（classic biomanipulation）；

1999-2001年期间，刘建康和谢平基于武汉东湖的长期生态学和系列实验湖沼学研究，提出了利用滤食性鱼类——鲢鳙控制蓝藻水华以改善水质的非经典生物操纵（non-traditional biomanipulation），并于2003年出版了《鲢、鳙与藻类水华控制》（科学出版社）；

2003年，刘其根等提出了保水渔业的概念，主要是基于千岛湖利用鲢鳙来控制蓝藻水华的渔业实践；

2013年，王武提出“净水渔业”的概念，旨在实现渔业生产和环境修复两个目标；2017年徐跑等出版了《蠡湖净水渔业研究与示范》（上海科学技术出版社出版社）；

2018年，桂建芳院士领衔的“中科院大水面生态净水渔业研究中心”落户千岛湖，致力于千岛湖渔业资源与水生态环境保护、鱼产品质量提升、鱼产品精深加工、净水渔业发展与推广等方面。