萧菩萨哥十二岁时，因容貌俊美、富有才华而入选后宫，辽圣宗对她“爱幸特甚”；对姑母萧绰也非常谨慎孝顺，加上她是耶律隆运的外甥女，所以萧绰也对她“深爱之”。
统和十九年（1001年）五月十五日，
辽圣宗册封萧菩萨哥为齐天皇后。萧绰死后，萧菩萨哥也开始参预国政，置宫闱司，补官属，出教命，加尊号为“仁慈翊圣齐天彰德皇后”，生日称“顺天节”，一时“权势威盛”。
萧菩萨哥与辽圣宗生有皇子二人，但都夭折了。
开泰五年（1016年）二月二十三日，
萧耨斤生下皇子
耶律宗真（
辽兴宗），因萧菩萨哥无子，便收养
耶律宗真，并把他当亲生儿子一般抚养。萧耨斤因为耶律宗真侍奉萧菩萨哥十分恭谨，很不高兴。
萧菩萨哥与萧耨斤不和，
萧耨斤暗中命令宦官
赵安仁窥探萧菩萨哥的动静，于是对她的行踪了如指掌。萧菩萨哥威势和权力加重之后，赵安仁害怕遭祸，又图谋逃回北宋。萧菩萨哥想杀他，萧耨斤进言营救。于是
辽圣宗赦免了赵安仁。
太平十年（1031年）六月，辽圣宗病危，萧耨斤骂萧菩萨哥说：“老东西，你还会有宠吗？”左右扶萧菩萨哥出去。
辽圣宗临终前，曾告诫宗真：“皇后事我四十年，以其无子，故命汝为嗣。我死，汝子母切毋杀之。”又遗命以萧菩萨哥为皇太后，萧耨斤为皇太妃。但辽圣宗死，萧耨斤隐匿遗命，自立为皇太后。
其后，护卫冯家奴、
耶律喜孙等迎合萧耨斤旨意，诬告北府宰相萧浞卜、国舅
萧匹敌谋反。诏令审讯治罪，牵连到萧菩萨哥。辽兴宗知道后，说：“皇后侍奉先帝四十年，将我抚育成人，本当做太后；现在没有做成，反而要拿她治罪，怎么行呢？”萧耨斤说：“此人若在，恐怕成为后患。”辽兴宗说：“皇后没有儿子而且年老，即使在我们这儿，也做不了什么事。”萧耨斤不听，将萧菩萨哥迁往上京。
重熙元年（1032年）三月，辽兴宗春季射猎，
萧耨斤担心辽兴宗怀念养育之恩，就诬陷萧菩萨哥有罪，并急速派人前往上京加害萧菩萨哥。使者到了之后，萧菩萨哥说：“我确实是无辜的，天下人共知。你等我沐浴一下身子，然后去死，可以吗？”使者便退下，待到回来，萧菩萨哥已死，终年五十岁。其左右百余人也被杀。
萧菩萨哥初以庶人礼埋葬于
祖州白马山。重熙三年（1034年），辽兴宗软禁萧耨斤后，游猎经白马山，见到萧菩萨哥孤坟凄凉，追思父皇遗言，不禁哭道：“吾早同今日，汝不至于此也！”于是指示上京留守耶律贵宁、盐铁使郎玄化将萧菩萨哥迁葬于
祖陵陵园内，比照
萧绰园陵，设置影堂、廊库。重熙二十一年（1052年）九月，辽兴宗追尊萧菩萨哥为仁德皇后。辽道宗大康七年（1081年）十月，与钦哀皇后
萧耨斤一同祔葬于
永庆陵。
萧菩萨哥曾经用草茎制成宫殿式样，暗中交付有关部门，命造清风、天祥、八方三殿。造成后，萧菩萨哥更加受到
辽圣宗的宠幸。所乘之车设置龙首鸱尾，以黄金加以装饰。又造九龙辂、诸子车，以白金做伞顶，均有灵活高妙的构想、设计。夏秋时节从行于山谷之间，花草树木犹如锦绣一般，车乘、服饰互相辉映，人望之以为神仙。
萧菩萨哥自杀当日，有人在
木叶山北部仿佛看见了萧菩萨哥，她乘坐着青盖车，身边护卫的侍从十分严整。