交通运输部科学研究院（China Academy of Transportation Sciences）是中华人民共和国交通运输部直属综合性科研事业单位。主要面向政府主管部门、交通运输行业开展基础性、前瞻性、公益性研究以及技术咨询、服务工作。

1960年，原交通部水运科学研究所和交通部公路科学研究所合并，成立交通部交通科学研究院。

1972年，交通部交通科学研究院与铁道部铁道科学研究院合并。

1975年，两院又随部委改革而分开。之后，交通部交通科学研究院定名为“交通部科学研究院”。

“文革”结束后，交通部对直属科研机构进行了调整。

1978年8月，将原由交科院领导的交通部科学技术情报研究所、交通部标准计量研究所等改为由部直接领导。

1981年4月，将交科院的水运、公路两所独立，定名为交通部水运科学研究所和交通部公路科学研究所，重庆分院改名为交通部重庆公路科学研究所，三个研究所均改由部直接领导。交通部科学研究院的职能划归部科技局，其名称保留，与部科技局一个机构、两块牌子，部科技局归口管理科技工作及京内外科研单位。

1989年9月，部决定恢复交通部科学研究院，院按照“三定”方案规定的6个方面24项职能，对当时部属14个科研所（院）进行归口管理。

1999年底，为顺应国家科技体制改革的要求，部对交科院进行了重组，原交通部科学研究院 （含长江口深水航道科学试验中心）、交通部科技信息研究所、交通部标准计量研究所、交通部广州信息技术研究所重组成立交通部科学研究院。

2010年1月1日，随着交通部更名为交通运输部，院正式更名为交通运输部科学研究院。

2017年，研究院在岗职工855人，其中，事业编制426人，企业编制429人。事业编制职工中，专业技术人员407人，占职工总数的95.5%；正高级职称人员56人，占专业技术人员的13.8%；副高级职称人员214人，占专业技术人员的52.6%；中级职称人员97人，占专业技术人员的23.8%；具有博士、硕士学位的人员分别占职工总数的23.7%、56.6%。

交通运输部专家委员会委员：石宝林

国家级有突出贡献的中青年专家：石宝林

财政部PPP专家库专家：褚春超

交通运输部“交通青年科技英才”：欧阳斌、周晓航、徐萍等

根据2018年7月研究院官网信息显示，研究院设有怀柔实验基地和顺义基地，其中怀柔实验基地下设1个综合管理办公室、3个分实验室、7个专业检测室，顺义基地包含3大研究平台的8个实验室。

怀柔实验基地分实验室：极端气候条件下道路结构性能衰变规律实验室、绿色道路材料应用技术实验室、微观结构物化分析实验室

顺义基地实验室：交通工程安全应用技术实验室、沥青分子工程实验室、交通水土保持技术实验室、道路路域生态学与生态修复实验室、交通建设与运营安全实验室、水上污染损害评估与溢油应急处置技术实验室、RFID技术交通应用实验室、交通物联网工程应用技术实验室

根据2018年7月研究院官网信息显示，研究院设有大型船舶操纵模拟器、水上突发事故模拟与应急辅助决策支持系统、交通环境空气在线监测系统等大型仪器设备，其中怀柔实验基地有公路工程类成套试验设备200余台（套），顺义基地有仪器设备764台套，其中50万元以上大型科研仪器设备86台。

2017年，研究院共有31项科技成果获得省部级及以上奖项。其中，获得国家科技进步奖1项，省部级科技进步奖一等奖5项，二等奖13项，三等奖12项。

2017年，研究院共出版专著28部；共发表学术论文287篇，其中SCI/EI/ISTP检索论文25篇。

《交通运输研究》为双月刊，以战略与政策、城市交通、信息化、安全与环保、运输与物流、工程技术为主要栏目，2017年共出版6期，每期面向交通运输行业发行1700册。

《交通建设与管理》2017年为月刊，共出版11期（1、2月合刊），每月面向交通行业发行3000册。2013年被国家新闻出版广电总局评选为“中国百强报刊”。

《运输经理世界》2017年为月刊，2017年共出版11期（2、3月合刊），每期面向交通运输行业发行10000册。

《交通世界》为旬刊，以交通规划与管理、交通工程、道路工程、桥梁与隧道工程、材料工程、工程管理为主要栏目，每月分上、中、下册出版，2017年共出版36期（其中第1/2/3期合刊，第4/5/6期合刊），每期面向交通运输行业发行1000册。

经人力资源和社会保障部全国博士后管理委员会和交通运输部批准，于2010年9月建立交通运输部科学研究院博士后科研工作站。

根据2018年7月研究院官网信息显示，研究院资质证书如下：

2017年1月7日至14日，研究院赴美国华盛顿参加了美国运输研究委员会年会、2017年世界交通转型国际研讨会；3月16日，交通发展研究中心与德国国际合作机构（GIZ）在贵州大厦联合召开“中德低碳交通合作项目—中国绿色低碳交通发展路线图与情景分析”研讨会；5月7日至5月13日，参加世界道路协会气候适应战略委员会会议；5月31日至6月2日，赴德国莱比锡参加国际运输论坛2017年峰会；6月5日至9日，赴泰国曼谷参加国际重要陆港发展区域框架草案专家组会议；6月10日至6月18日，赴西班牙加泰罗尼亚地区莱里达市参加了全球变化下的第一届世界水土保持会议；6月28日至6月30日，参加由沃尔沃研究和教育基金会（VREF）及交通和发展政策研究院（ITDP）举办的Mobilize Santiago峰会；7月赴俄罗斯莫斯科参加“SMC常温改性沥青工程应用技术研讨会及现场测试”技术交流活动；8月31日至9月4日，赴新加坡参加了“第二届IEEE智能交通工程国际会议”。

2017年6月15日，研究院与龙建路桥股份有限公司签订战略合作协议；11月20日，研究院与人民交通出版社股份有限公司签订战略合作协议；12月13日，研究院与安徽省交通科学研究院签订战略合作协议。

根据2018年7月研究院官网信息显示，研究院举办了“展交科人风采 我为党旗增辉”演讲比赛、羽动青春春季羽毛球、2018年老干部迎春茶话会、冬日户外健走、三八妇女节等活动，丰富员工的业余文化生活。

2015年2月，获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第四届全国文明单位”荣誉称号。

2023年5月，被设立为“文化和旅游研究基地（2023—2025年）”。