亚细胞定位是查找生物大分子在细胞内的具体存在的位置，如在核内、胞质内或者细胞膜上存在。常见的亚细胞定位方法有生物信息学预测法、免疫荧光法、GFP融合蛋白表达法。

不同的细胞器往往具有不同的理化环境，它根据蛋白质的结构及表面理化特征，选择性容纳蛋白。

蛋白质表面直接暴露于细胞器环境中，它由序列折叠过程决定，而后者取决于氨基酸组成。因此可以通过氨基酸组成进行亚细胞定位的生物信息学预测。

将标记的特异性荧光抗体，直接加在抗原标本上，经一定的温度和时间的染色，用水洗去未参加反应的多余荧光抗体，室温下干燥后封片、镜检。

如检查未知抗原，先用已知未标记的特异抗体（第一抗体）与抗原标本进行反应，用水洗去未反应的抗体，再用标记的抗抗体（第二抗体）与抗原标本反应，使之形成抗体—抗原—抗体复合物，再用水洗去未反应的标记抗体，干燥、封片后镜检。如果检查未知抗体，则表明抗原标本是已知的，待检血清为第一抗体，其它步骤的抗原检查相同。

GFP是绿色荧光蛋白，在扫描共聚焦显微镜的激光照射下会发出绿色荧光，从而可以精确地定位蛋白质的位置。绿色萤光蛋白（GFP）是一个由约238个氨基酸组成的蛋白质，从蓝光到紫外线都能使其激发，发出绿色荧光。通过基因工程技术，绿色萤光蛋白(GFP)基因能转进不同物种的基因组，在后代中持续表达，并且能根据启动子特异性地表达。

使用GFP必须构建融合蛋白载体，并在转染之后有效表达。这样，若在荧光显微镜下看到细胞内某一部位存在GFP信号，说明和GFP融合的蛋白也存在于该部位，这样就达到了确定某物质亚细胞定位的目的。

基因枪法转化洋葱表皮细胞：

分别用70%乙醇和灭菌蒸馏水清洗金粉（直径为1 μm），加入灭菌蒸馏水制成金粉悬浮液，取100 μL 放在含有1.0 cm2 洋葱表皮的玻璃皿中，边振荡边加入10 μL pCambia2301-GaMYB2-GFP质粒，逐步加入40 μL 0.1 mol·L-1 亚精胺和100 μL2.5 mol·L-1 CaCl2，振荡混匀。基因枪GDS-80轰击时氦气罐的气压为1 300 psi，取10 μL DNA 包裹好的微粒悬浮液加到基因枪中央，进行轰击，之后放置25℃避光过夜培养，使用ConfocalLaser激光共聚焦显微镜观察。

GaMYB2 在洋葱表皮细胞中的瞬时表达分析：采用基因枪轰击的方法，用包裹质粒的金粉对洋葱表皮进行轰击，暗培养过夜后，在激光共聚焦显微镜下进行观察，从图A 中可以看出对照GFP空载体在整个洋葱细胞均能看到绿色荧光，为组成型表达；从图B 中发现GaMYB2-GFP 的融合表达载体只能在细胞核中能看到绿色荧光，这进一步证明该蛋白不具有跨膜蛋白结构，定位在细胞核中，具有转录因子的一般特征。