云南省环境保护局，隶属环境保护部，省级政府机构。
省人民政府机构
（一）省政府办公厅（挂省政府参事室牌子。省委办公厅、省政府办公厅信访局为副厅级内设机构。省政府驻北京、上海办事处为正厅级，驻广州、深圳办事处为副厅级）
（二）组成部门25个（省监察厅与省纪委合署办公，列入政府工作部门序列，不计入政府机构个数）：
1、省发展和改革委员会
2、省经济委员会（挂省中小企业局、省乡镇企业局、省加快发展非公有制经济工作领导小组办公室、省黄金管理局、省盐务管理局牌子）
3、省教育厅（省委高等院校工作委员会与省教育厅合署）
4、省科学技术厅
5、省民族事务委员会
6、省公安厅（其中，交通警察总队和禁毒总队为副厅级内设机构）
7、省国家安全厅
8、省监察厅
9、省民政厅
10、省司法厅（其中，省劳教局为副厅级内设机构）
11、省财政厅（其中，省非税收入管理局为副厅级内设机构）
12、省人事厅（省机构编制委员会办公室与省人事厅合署）
13、省劳动和社会保障厅
15、省建设厅
16、省交通厅
17、省农业厅
18、省林业厅
19、省水利厅
20、省商务厅（挂省对周边国家经济贸易局、省政府口岸办公室牌子）
21、省文化厅
22、省卫生厅
23、省人口和计划生育委员会
24、省审计厅
25、省政府外事办公室
（三）直属特设机构1个：
省政府国有资产监督管理委员会
（四）直属机构16个：
1、省地方税务局
2、省环境保护局
3、省广播电视局
4、省体育局
5、省统计局
6、省工商行政管理局
8、省质量技术监督局
9、省食品药品监督管理局
10、省旅游局
11、省安全生产监督管理局
12、省宗教事务局（副厅级）
13、省政府侨务办公室
14、省政府国防科学技术工业办公室
15、省煤炭行业管理办公室（
省煤炭工业局，副厅级，与云南煤矿安全监察局合署）
16、省政府金融工作办公室
1、省政府信息产业办公室（省无线电管理委员会办公室，省通信管理局，由省政府办公厅管理）
2、省政府法制办公室（由省政府办公厅管理）
3、省粮食局（由省发改委管理）
4、省监狱管理局（副厅级，由省司法厅管理）
1、省政府扶贫开发领导小组办公室
2、省人民防空办公室（副厅级）
3、省机构编制委员会办公室（与省人事厅合署）