乌什事变是指乾隆三十年（1765年）二月，乌什小伯克赖和木图拉因其妻曾被乌什办事大臣素诚凌辱，因此怀恨在心，召集所有运送沙枣树的差役商议进行反抗，攻占乌什城。同年八月十三日夜，在清政府的军事打击下，乌什城克，“乌什事变”得以终结。

乾隆二十四年（1759年）平定大小和卓叛乱的战事结束后，从此终结了中国西北地区的长期分裂动乱的局面。但是，刚收复之后的西域，“千里空虚，渺无人烟。”政治、经济、社会均遭受了巨大的破坏。因此，清朝政府一面致力于在南疆各主要城镇派驻官员、屯兵驻守，管理军务把握政权；另一方面则着手建立以伯克（官名）为核心的民政管理体系。清朝政府废除了旧有伯克世袭的权利，但保留了伯克旧有的一些特权，允许伯克们拥有一定数量的土地和亲随家仆，授予相应数量的土地（时称“养廉地”）和农奴，同时规定各级伯克的“养廉地”属伯克私有，不向国家缴纳田赋。而对农民所有的土地，清政府则依照旧例，每年将土地所获粮食的十分之一作为田赋上缴国库；凡交于回人农民垦种的国家所有的公地和官地，清政府采取“对分制”，即平分的办法征税，每年把收获粮食的二分之一上缴国库。这种赋税制度与准噶尔时期相比，广大农民群众的负担有所减轻，但对每户农民粮食收获总量的估算有很大的随意性，为不法官员提供了横征暴敛的可能。虽然大小伯克都享有国家拨发的“养廉地”，但为求得额外收入，纷纷扩充自己所属的“烟齐（农奴）”和“养廉地”。伯克们还随意役使农民为自己开荒种地并令贫穷农民自携牛具耕作，秋收入己；还有的以入京朝觐等名义，向农民群众滥肆摊派财物。虽然伯克世袭被废止了，但没能打破伯克上级对下级存在已久的压榨。下级伯克到任时，要送阿奇木伯克（伯克之首）重礼。这些负担间接地转嫁到当地回人身上。不仅如此，由于伯克的任免、升迁、考核及入觐的权利掌握在各城办事大臣的手中，因而伯克馅媚贿赂驻地官员，驻地官员勒索欺压当地伯克的现象在南疆地区十分普遍。

清政府根据当时新疆的实际情况，采用“因俗而治”的边疆治理策略。但由于新疆本地政治环境的限制，再加上受到全国政治情势的影响，清代中期西域的吏治并非白璧无瑕，腐败现象亦时有发生。特别是在落后而又偏远的回疆地区，不仅官员素质较低，且地方伯克与派驻官员互相勾结，存在着较为严重的吏治问题，“当时的办事大臣素诚，糊涂贪财好色，其子更为恶劣，遇到回人妇女稍有姿色的，不问何人，唤至官署内，父子公然淫乱，毫无避忌，且赏给家人轮奸，以为笑谈，有时会囚禁一个月才会放出，乌什回人早就想睡的皮吃他的肉了。”而乌什原任阿奇木伯克霍集斯，因在收复新疆的过程中功劳显著，想要统一整个回族部落，乾隆皇帝怕他叛乱而不敢让他管理回部，于是把他召入京城，以哈密郡王额贝都拉之子、玉素卜之弟阿卜都拉代替他。阿卜都拉在鱼肉百姓方面比素诚有过之而无不及。也正是在办事大臣与当地伯克的双重剥削下，乌什人民“不堪其虐”，种下了动乱的种子，这是其一。

其二，境内外分裂势力的相互勾结，煽风点火。清政府收复新疆后，周边的浩罕等伊斯兰势力为了自身利益，虽表面上臣服于清朝，但对清政府却始终仅限于表面上的恭顺，如浩罕的额尔德尼早想独立称汗并企图划定国界线，只是一方面畏惧清朝的军事力量，另一方面也担心清政府与之断绝商贸，所以并未采取公开行动。但这些藩属政权始终与大小和卓的家族和部分地方伯克保持紧密联系，为在政治、经济方面入侵回疆积极做准备。“乌什事变”正是在这一历史背景下发生的。

其三，“乌什事变”的导火索——办理沙枣树科。作为直接引发“乌什事变”的起因，目前所有的传世文献对乌什差役办理沙枣树科均讳莫如深，仅言及其事。据洪涛先生考证，正是乾隆皇帝本人为了取悦香妃而耗费大量人力、物力、财力从乌什运送沙枣树苗进京。

乾隆三十年（1765年）二月，乌什办事大臣素诚与阿奇木伯克阿卜都拉派240名回人差役运送沙枣树进京，定于二月十五日起程。是时，素诚的儿子要回京，强征差役为其运送行李，并派小伯克赖和木图拉负责押送。启程之前的二十四日，奉命出差的回人头目不知要送到哪里，向阿卜都拉请示，而阿卜都拉却认为他很冒失，很恼怒，不告诉他并重责数十鞭。回人头目又向印房章京请示，对方也认为他很冒失，又重责三十大板，这使得回人群体因含冤而疑忌愤恨，这又触发了回人以往的怨恨。而赖和木图拉由于其妻曾被素诚强行留宿衙署，遭受凌辱，因此怀恨在心，遂利用当时人们受到欺压的不满情绪，于当天夜间召集所有运送沙枣树的差役商议进行反抗。

在赖和木图拉和阿哈拉克齐海色木和卓等人的带领下，起义队伍向驻守在乌什的清军发起进攻，阿卜都拉被囚，素诚兵败后杀子自尽，接着，又放火焚烧官署。起事者随后把内地官兵及往来贸易之人尽数杀戮，又把城外居住的回人都驱至城里，加紧构筑防御工事，以准备迎击清军的反攻。

阿克苏距乌什最近，阿克苏办事大臣卞塔海匆忙带领数百名驻防官兵前往镇压。当时城内回众还没有全部叛变，曾开门迎接卞塔海，然而卞塔海却不问致乱的缘由，直接用大炮攻城，这激怒了乌什城内的居民，他们共推赖和木图拉为阿奇木伯克，开城迎战。卞塔海被袭击，败走数十里。赖和木图拉随后派人前往额尔德尼处求援，其中有萨里之弟额伊敏，他趁众人入睡之际逃出，报信于阿克苏办事布政使德福，德福又转报于伊犁将军明瑞，明瑞随即派观音保率兵取道穆素尔岭往援乌什。此时，接到卞塔海通报前来救援的额尔景额、纳世通、柏琨等，各路大军均赴乌什为援。乾隆帝命伊犁将军明瑞平乱，并务必亲往伊犁详查事变因由。

此后，因德福奏称乌什噶匝纳齐伯克沙资雅东又多次派人前往额尔德尼处求援，乾隆帝又派内大臣阿桂、明亮驰赴乌什支援。并命明瑞一方面遣人前往额尔德尼处断其往援乌什之心，一方面至乌什后速速查清“乌什事变”之后的所有情形。

纳世通率先赶到，他抵达乌什后奉命暂先总理诸事，他一方面与乾隆帝一样轻视“乌什事变”，另一方面也存有独享战功之私欲。更严重的是，作为总理回疆事务参赞大臣的他，不愿意伊犁将军插手回疆事务。因此，纳世通数次上折，以种种借口阻止明瑞的到来。但随着事态日益严峻，纳世通乱了方寸，被迫改变了主意，由“阻止”明瑞前来变为请求明瑞来乌什“会商进剿”。乾隆帝对此行为给以严厉的斥责。

闰三月，伊犁将军明瑞到达乌什前线。乌什城外汇集了清朝官兵万余人。从三月初到三月下旬，清军连续不断地对乌什发起军事强攻，虽伤亡惨重，却未能取胜，战争进入了相持阶段。为尽快结束战事，明瑞采取了“扰其耕作”、“断其樵牧”策略，乌什城内出现了“粮尽樵断，马毙人饥”的困难局面，但清军仍久攻不下。乾隆帝恼羞成怒，将此归罪于昏庸的将军和大臣，并想用惩办将官的办法来挽回败局，屡战屡败而贻误战机的卞塔海、纳世通便成为他开刀的对象，两人于五月二十五日被置于军前正法。五月二十七日，赖和木图拉在交战时中箭殒命，众人又推选其父额色木图拉为伯克。六七月间，乌什城内“口粮将绝” , “无以为食”，清军加紧了对乌什的进攻。八月，战斗进入了白热化阶段。八月十三日夜，在原商伯克沙布勒锡喇布阿浑的带领下，拿获额色木图拉等四十二名主事者献给清军。才使清军克复了乌什城，至此，相持了半年之久的“乌什事变”宣告结束。

“乌什事变”结束后是善后事宜，首先，善后工作的当务之急即是对乌什起事者的处理。按乾隆原意，清军入城后，应将男丁全行剿杀，妇幼送往伊犁为奴。但明瑞、阿桂除将“为首之数十人凌迟处死、可恶之辈千余人剿杀”外，将其余三千余人与应送伊犁之妇幼共一万余人供给盘缠，送往伊犁等处屯田。

其次，喀什噶尔参赞大臣移驻乌什，并在此屯田驻兵。乾隆命明瑞在乌什留驻满洲兵一百、索伦兵一百，另将前来支援之乌鲁木齐一千绿营兵留驻屯田。至于屯田所需牲畜，由叶尔羌、喀什噶尔所扣租马内备办；所需农具动用阿克苏税项购买，如再不敷，著陕甘总督杨应琚速行办解，务足敷用，不误农耕。但战后乌什的千疮百孔远非兵屯所能解决。为此，乾隆又命明瑞将乌什现有耕田数目明确详查，将阿克苏、叶尔羌、喀什噶尔等处无业之民招徕，进行民屯。

三是确定“总理回疆事务参赞大臣”与“总统伊犁等处将军”具体权责，避免相互推诿。

最后，为消除不利影响，明瑞与阿桂着手调整了回疆的治理政策，制定了回疆善后事宜八条。

清朝乾隆帝：①朕以回人断无无故作乱之理，必系彼处大臣官员等将伊等苦累不堪，致启衅端。②乌什之始而激变。继而听贼猖獗。不能立时完结者。皆伊等卑鄙无耻。庸妄偾事之所致。实堪发指。此内素诚。情罪尤属可恶。

新疆大学人文学院历史系教授洪涛：乌什之战，大功告成，回城久经绥辑，开屯增市，薄赋轻徭，耕牧恬熙，人安乐利，六七十年无烽烟之警，可谓大乱之后大治矣。

西北师范大学王力：乌什事变是清朝统一新疆初年发生的最具影响力的重大事件，暴露了清朝回疆治理政策的弊端与漏洞。暴露了新疆军政人员素质低下、办事能力差、不能尽心效力等弊端，敲响了清朝在新疆统治的警钟。

“乌什事变”发生后，清政府采取的诸多善后措施，是清朝对回疆伯克制度的又一次调整完善，一定程度上缓和了回疆地区的社会矛盾，有利于稳固清朝的统治，同时也奠定了新疆建省前清朝在回疆地区的基本治理模式，对新疆的政治、经济等方面的发展，乃至国家西北边防的稳定都起到了巨大的作用。