馆内收藏有
东巴文化文物以及各种历史文物资料一万多件。设有《东巴文化展》、《丽江古城文物资料展》等基本陈列。让观众沿着东巴文化发展的轨迹，步入人类童年时代，充分领略纳西族悠久丰厚的传统文化。
东巴文化是具有千年历史的纳西族传统文化，以本土宗教东巴教为载体，主要内容有：
民族传统信仰，东巴祭司及其宗教、民俗礼仪，用纳西象形文书写的东巴古籍文献，以及东巴祭司所掌握的造纸、绘画、工艺制作、音乐、舞蹈等传统技艺。
东巴教以自然崇拜、祖先崇拜为主，兼有
鬼魂崇拜，祭司“东巴”集巫、医、学、艺、匠于一身，是东巴文化的主要传承者；常见的宗教、民俗礼仪有30余种，尤以祭天仪式、祭署仪式及迎请素神传统婚礼，传统葬礼等具有重要文化价值，蕴涵于这些礼仪中的宗教、文化思想深深地渗透到纳西人的日常生活当中；纳西象形文有常用单字1500多个，具有人类文字初创阶段的许多原始特征，是当今世界活着的完整象形文字系统；东巴古籍文献现存世3万余卷，不同内容的有1000多种，内容涵盖纳西族社会生活的方方面面，被称为古代纳西社会的百科全书，2003年8月被列入世界记忆遗产名录；
东巴绘画、工艺和音乐舞蹈是人类原始艺术的典型作品，《东巴舞谱》是世界上最早用象形文字记录的舞谱。
东巴文化以追求人与自然、人与社会的和谐为核心精神，既有大量
原始宗教文化遗存，又表现出多种文化因素兼收并蓄的多元性，在民族学、人类学、历史学、社会学、宗教学、哲学、文字学、文学、艺术等领域具有特殊的研究价值。
自上世纪初以来，我国及世界上十几个国家的学者对东巴文化进行了多层面的介绍和探讨，取得丰硕的研究成果，已成为国际学术研究的热门课题。然而，随着纳西族地区的社会变革、商品经济的发展和人们生活方式的改变，古老的
民族传统愈来愈被民众淡漠，东巴文化已在民间面临着消亡的危机。抢救和保护这一珍贵
民族文化遗产已经成为我们的历史责任。
博物馆之旅是咱们走近丽江的纳西东巴文化。丽江是古纳西王国的心脏，东巴文化指的便是纳西族的古代文化，因保存于东巴教而得名，东巴文化源远流长，已有近千年的历史。纳西族
东巴文字被誉为世界上保留完整的“活着的象形文字”，还有保留在白沙的
明代壁画以及堆满玉龙十三峰的民间传说……