主根（axial root），亦称“初生根”。由胚根发育而成的根。主根具有强烈的向地性，可垂直向土层深处生长2-3米，一般栽培的灌木型茶树根系可深入1米以下的土层。

指由胚根发育而成的，大而明显的初生根。按照发生部位的不同，可以将根分为主根、侧根和不定根。侧根和不定根又称为次生根。

胚根突破种皮，是种子萌发的一个重要标志，也代表了胚后主根发育的开始。胚根发育成幼苗的主根需要经过两个过程：（1）胚根在胚轴方向的定向伸长；（2）胚根中细胞分裂的激活。

种子萌发时，胚根最先突破种皮向地生长，发育形成主根。主根生长到一定长度后，一定部位侧向形成许多分枝，分枝上再形成分枝，这种由主根上产生的各级分枝称侧根。主根和各级侧根由胚根发育而成，都有一定的发生位置，统称定根。侧根因生长的先后顺序不同而分成不同的级次。主根上直接发生的侧根称为一级根，着生在一级根上的是二级根依次类推。起初侧根的生长与地面平行，以后转向地下生长。

与其他在胚后发育阶段形成的根一样，主根在纵向由下到上可以分为4个区域：根冠（rootcap）、分生组织区（meristem zone）、伸长区（elongation zone）和成熟区（maturation zone）。

分生组织区是细胞进行有丝分裂（mitotic cell division）的区域。根据细胞分裂活跃程度的不同，近年来又把分生组织区分为顶端分生组织区（apical meristem zone）和基部分生组织区（basal meristem zone）两个部分。顶端分生组织区中细胞分裂旺盛；而基部分生组织区中细胞分裂较为不频繁，细胞在纵向上开始伸长，最后失去分裂能力，进入伸长区。伸长区的细胞最终不能够再在纵向上继续伸长，成为成熟区细胞。成熟区的特征之一是根毛细胞的出现，因此也常被称作根毛区（root hair zone）。另外，侧根通常也是在成熟区长出的。

在根冠与分生组织区交界处是主根的组织中心（organizing centre），该处的细胞基本不发生分裂和分化，因此又称为静止中心。在静止中心的周围是根的各类干细胞（stern cell），它们能够通过不对称分裂（asymmetrical division），不断进行自我更新，并产生可以分化为不同类型根细胞的子细胞，来维持根的生长。其中根冠的干细胞层与分生组织区之间，由于有静止中心相隔，近年来也称为根冠分生组织区（root cap meristem）。静止中心能够产生一个小范围的信号来控制其周围干细胞的分裂与分化，其覆盖的区域通常称为干细胞小生境（stem cell niche），而从干细胞分裂产生的一些子细胞．正是由于超出了信号控制范围，才会开始分化。

根能产生近百种分泌物，包括糖类、氨基酸、有机酸、维生素、核苷酸和酶等。这些分泌物物有的可以减少根与土壤的摩擦力，使根能顺利穿越土壤；有的对毗邻植物产生刺激或毒性，如寄生植物列当的种子要在寄主根分泌物的刺激下才能萌发，而小麦和高粱的根系分泌物对农业杂草具有抑制作用；根的分泌物还能促进一些土壤微生物的生长进而影响植物体的代谢活动、吸收作用和抗病性。

根有多种用途，它可以食用、药用和用作工业原料。甘薯、木薯、胡萝卜、萝卜、甜菜等植物的根皆可食用，部分也可作饲料。人参、大黄、当归、甘草等植物的根可供药用。甜菜可作制糖原料，甘薯可制淀粉和酒精。某些乔木或藤本植物的老根，如枣、苹果、青风藤等的根，可雕制成造型独特的工艺品。在自然界中，根有保护坡地、堤岸和防止水土流失的作用。

植物最早的根形成于胚胎阶段，通常称为胚根（embryonic root）。当种子萌发时，胚根会首先突破种皮，发育成幼苗的主根。主根在双子叶植物如拟南芥中又称为初生根（primary root），而在单子叶植物如水稻中常称作种子根（seminal root）。在主根上可产生侧根（Lateral root），侧根上再可产生多级次分支根，这些根通常也称为侧根。有些植物的根可以从茎叶上产生，这种不是由根部发生、位置也不定的根，统称为不定根。在拟南芥中，在主根与下胚轴交接的位置，偶尔会有不定根的形成；而水稻种子萌发后2-3 d内，跟主根交接的胚芽鞘的节（coleoptilar node）上会形成多个不定根，通常称为冠根（crown root），其数目在不同品种的水稻中存在较大变异。不定根和主根具有相同的结构，也能产生侧根。

大部分植物的根系可归入以下两类之一：直根系或须根系。

大多数裸子植物和双子叶植物的主根继续生长，明显而发达。由主根及各级侧根组成的根系，称为直根系。单子叶植物的主根在生长一个短时期后，即停止生长而枯萎，并由茎基部节上产生大量不定根，这些不定根也能继续发育，形成分枝，整个根系形如须状，故称须根系。大多数蕨类植物的根系，也是由不定根所组成，这些不定根从茎、根状茎发育而来。