中国科学院自然科学史研究所（the insititute for history of natural sciences, ChineseAcademy of Sciences）成立于1957年，是中国唯一的多学科和综合性的科技史专门研究机构，是世界三大科学技术史专门研究机构之一，是国务院学位委员会确认的理学一级学科科学技术史学位授予点。

自然科学史研究所的前身是中国自然科学史研究室（中国科学院直属独立单位），成立于1957年1月1日，是中国第一个专门的综合性的科技史研究机构。

1962年9月，由中国科学院哲学社会科学部代管。

中国自然科学史研究室起初设有数学史、天工化物、生物地学史3个专业研究组。

1965年，天工化物组中的工艺史部分单独成立了工业技术史组。

1975年，扩建为研究所，所下设数学史组、天文学史组、物理化学史组、生物地学史组、技术史组和通史组。

1977年5月，哲学社会科学部改为中国社会科学院。1978年1月1日，自然科学研究所重归中国科学院。

1978年，研究所将这些专业研究组合并为中国古代科学史研究室，并成立中国近现代科学史研究室。

1984年，撤销中国古代科学史研究室，成立中国科技通史、古代物理学化学史、古代生物学地学史、古代技术史、古代数学天文学史5个研究室。

1998年，改变以往按学科史划分研究室的办法，将研究室调整为4个：中国古代科学史研究室、技术与应用科学史研究室、中国近现代与世界科学史研究室、科技史理论与综合研究室。

1999年12月，被认定为科研基地型研究所。

2002年，撤销研究室，成立了研究部。科研人员由研究部统一协调。4月进入知识创新工程试点序列。

2006年，成立“中国传统科技文明研究中心”。4月进入中国科学院知识创新工程三期基地。6月成立中国科学院院史研究室。

2010年4月，成立中国古代科技史研究室、中国近现代科技史研究室暨中国科学院院史研究室、西方科技史研究室。

2021年6月，与南开大学签署战略合作协议，张柏春受聘为南开大学双聘教授。2023年3月，与华东师范大学签署战略合作协议；方在庆受聘为华东师范大学紫江讲座教授。

现有编制规模为97人，拥有国际科技史研究院院士2人、通讯院士2人。

中国科学院院士：席泽宗

中国科学院百人计划：孙小淳、方在庆

名誉教授：杨振宁、山田庆儿、黄一农、常青、Yury Baturin、Yung Sik Kim、Jürgen Renn、Eberhard Knobloch、Christopher Cullen

国际访问学者：Tatiana Y. Feklova、Per Högselius、Karine Chemla、Iwo Amelung、Diana Saveleva、Bruno Belhoste

目前科学史所设有中国古代科技史研究室、中国近现代科技史研究室、世界科技史研究室、科技史综合研究室四个研究室，以及中国科学院学部科学文化研究支撑中心、文化遗产科技认知研究中心、中外科技发展比较研究中心、科技与社会研究中心、科学传播研究中心。

截至2020年8月，自然科学史研究所图书馆现有藏书18万余册，其中线装古籍3800余种，近25000册；西文、日文、俄文书50000余册；中文期刊1200余种合订本8000余册；西文、日文、俄文期刊800余种，合订本近8800册。馆内所藏的中国古籍中，包括文渊阁《四库全书》影印本；《续修四库全书》；《四库未收辑刊》；《四库存目丛书》；《清人别集丛刊》；《明人文集丛刊》；经、史、天、算、医和方志等方面的善本珍本多种。近年图书馆增加了若干种大型数字化文献库，包括晚清民国期刊全文库，民国图书全文库，雕龙古籍库，书同文古籍库，爱如生古籍库，中华经典古籍库，中华人民共和国国史库、台湾华艺期刊论文库等中文数据库，以及Elsevier，Wiley，MUSE，JSTOR，Springer，Cambridge，Oxford，American Periodicals，EEB，EEBO，ECCO，NCCO等外文数据库。

1980年成立的中国科学技术史学会以自然科学史所为挂靠机构，先后主办过数百次国际和国内的综合或分学科科技史学术会议。2005年，自然科学史所与学会成功主办了第22届国际科学史大会。研究所有多人担任过国际科学技术史学会、东亚科学技术医学史学会等组织的领导或理事等职，对团结国内外科技史界力量，加强国际合作发挥了重要作用。英国李约瑟博士、日本薮内清教授、诺贝尔奖获得者杨振宁教授等专家先后被研究所聘为名誉教授。

自然科学史所同美国、英国、德国、法国、俄罗斯、荷兰、比利时、意大利、葡萄牙、澳大利亚、日本、韩国、希腊、新加坡、中国台湾等国家和地区的科研机构、高校以及专家学者开展了广泛而深入的学术交流与合作。先后与德国马普学会科学史所、俄国科学院科学技术史研究所、巴黎大学、柏林工业大学、剑桥大学李约瑟研究所、埃尔朗根-纽伦堡大学、图宾根大学、意大利研究理事会、博洛尼亚大学、法国远东学院、建国大学、东京大学、日本国宝联盟、悉尼大学和联合国教科文组织、葡萄牙科技部等国外机构均建立了良好的合作关系，并进行双边的人员互访和图书资料交换。

自然科学史所自成立以来迄今共发表学术论文6000余篇，出版学术专著近500余部，获得多项国家和中国科学院自然科学奖、多项部委科技成果奖以及中国图书奖。近年来突出成果包括编撰出版《中国科学技术史》（26卷）、《中国科学技术典籍通汇》（10卷50分册）、《中国近现代科学技术史》与《中国近现代技术史简史》等，以及《夏商周断代工程》的天文断代研究，对世界著名实验室的研究，关于重要发明的起源和传播的研究，参与制作《龙腾》大型系列片等。已经完成的重大课题有《中国天文学史大系》、《中国物理学史大系》、《中国传统工艺全集》（19卷）、《中国古代工程技术史大系》、《中国近现代科学技术史研究丛书》（47册）等。

《自然科学史研究》（季刊）前身是1958年创办的《科学史集刊》，是中国在科学史、技术史和医学史领域惟一国家级的多学科综合性刊物（中文核心期刊）。致力于学术创新，支持学术自由和平等的方向，反映中国海内外科技史的最新成果，促进学术交流。发表科学技术史领域的综合性研究、科技史理论和各学科史的论文、研究讨论、评论、书评和学术信息等。

《中国科技史杂志》1980年5月创刊，为原《中国科技史料》，是中国惟一系统汇集中国科技史料的学术性期刊（中文核心期刊），以中国近现代、尤其是近100年来的科学技术发展为主，在搜集、抢救和整理史料的基础上，推进中国近现代科学技术史的研究。

《科学文化评论》创刊于2004年，由中国科学院自然科学史研究所和中国科学院规划战略局主办。主要登载科学与人文、科学与社会以及科技与可持续发展等方面的研究成果。《科学文化评论》的栏目设计，基本上依照国际学术刊物的通行规范，按论文、评论（包括争鸣、笔谈、访谈等）和书评等加以分类，主要栏目包括专题、科技中国、科学与人文、科技与社会、学术前沿、人物访谈、读书评论、机构简介等。

截至2013年11月，研究所设有1个博士后流动站、1个博士一级学科授权点、1个硕士一级学科授权点，并拥有科学技术哲学二级学科博硕点。

博士后流动站：科学技术史

博士一级学科授权点：科学技术史

硕士一级学科授权点：科学技术史

自1978年以来，自然科学史所独立或与海外联合培养研究生超过300人，接受海外进修生和青年访问学者数十名。

该所久保辉幸同学先后两次参加本所的学生年终论文报告会，两次均得奖，其中2008年得二等奖（本年度一等奖空缺）。在学习期间曾发表过一些论文；另外还有两篇与毕业论文主题相关的论文分别在英国的《Asian Medicine——Tradition and Modernity》和本所的《自然科学史研究》发表。在2008年11月的第四届亚洲医学史大会上，他的论文曾获奖励。

所徽设计创意来自中国的《周髀算经》所保留之日高图和勾股圆方图：“圆出于方，方出于矩”；“度高者重表”，“虽天圆穹之象犹曰可度，又况泰山之高与江海之广哉？”（后两句出刘徽《九章算术序》）。一条地平假设，两根量杆就导出测量太阳高度的方法，充分代表了公元纪年前后中国科学和技术的水平。

此图如果着色，以橙红涂圆形代表太阳，以绿色涂方形象征科学史事业的繁荣，三个蓝色的英文字母分别代表“历史”、“科学”与“技术”。红、绿、蓝三原色又象征事物的本原。对三原色的认识源于西方近代光学，而三原色同人类生命机理的关系乃由近代生理学直到当代基因理论所揭示。

“究天人之际，通古今之变”

语出太史公司马迁《报任少卿书》，籍此表达中国科技史工作者的抱负以及该所研究人员所肩负的使命。

副所长（主持工作）：关晓武

党委书记、副所长：赵力

纪委书记：赵艳

李俨、仓孝和、严敦杰、席泽宗、陈美东、廖克、刘钝、廖育群、张柏春先后担任所长（或负责人），现研究所工作由副所长关晓武研究员主持。