中山大学自贸区综合研究院是依托国家高端智库——
中山大学粤港澳发展研究院的专业性研究机构。按照新型高端智库发展要求设立的广东省重点智库。研究院立足于中国自由贸易试验区、中国特色自由贸易港和粤港澳大湾区的建设需求，围绕粤港澳深度合作以及深化泛珠三角合作、探索深化与东盟及亚太自贸区合作、建设21世纪海上丝绸之路等
开放型经济重大理论与现实问题，以构建与高标准的国际投资贸易规则相适应的制度、政策体系为主要研究对象，以推动港澳与内地协同创新研究为特色，打造一个汇聚各类高端研究资源，集自贸区理论研究、对策研究和
前瞻性研究于一体的开放性研究平台，建设成为跨学科、跨专业、跨区域的综合性国际化研究机构，为广东省乃至全国新一轮改革开放提供高水平的智力支持。
研究院实行理事会领导下的院长负责制，理事会是研究院的最高决策机构，负责研究院重大事项的审议和决策。理事长由中山大学党委书记、粤港澳发展研究院院长陈春声教授担任；研究院设院长1名，副院长4名（包括常务副院长1名），院长由中山大学副校长李善民教授担任。
研究院设立专家咨询委员会，作为学术决策与政策咨询机构。专家咨询委员会由具有国际视野、熟悉国内外自贸区理论与实践发展状况的国内外知名专家、以及具备相关咨询服务经验的专业人员组成，
中国社会科学院经济研究所裴长洪研究员担任主任委员，已聘请30位左右的政府官员、企业高管、专家学者为专家咨询委员。
研究院实行“小机构、大网络”的组织模式。研究院组建了专职研究团队，研究领域涵盖财税金融、贸易投资、政法社会、
城市区域规划、科技创新等方面。同时整合校内外研究资源，有近90多名兼职研究人员。
研究院积极与国内外同行开展交流合作，在各级领导的关心指导下，研究院联合复旦大学、厦门大学等兄弟院校的自贸区研究机构创办“中国高校自贸区研究联盟”，参与“
中国自由贸易试验区协同创新中心”，与
广东省委宣传部、
广东省发展和改革委员会、广东省委改革办、原
广东出入境检验检疫局（现广州海关）、广东自贸区工作办公室及三个片区管委会建立工作联系机制。
2022年7月，“2021-2022年度中国自由贸易试验区制度创新指数”正式发布。这是该院连续第七年对中国自由贸易试验区制度创新成效进行综合评估并发布相关研究成果。
中山大学自贸区综合研究院将继续立足广东经济社会发展需求，紧密围绕推动体制机制创新、提高对外开放水平这条主线，聚焦自贸区理论问题、对策问题和前瞻性问题，积极开展
开放型经济的理论与政策研究，为广东实施新一轮高水平对外开放提供理论支撑，为广东自贸试验区建设成为中国自贸区新标杆和粤港澳大湾区建设成为国际一流湾区经济提供高水平的决策咨询服务。
2018年2月，由中山大学自贸区综合研究院常务副院长符正平教授为首席专家申报的“中国特色自由贸易港1+N模式的制度创新及实现路径研究”经全国社科规划办批准，获得研究阐释党的十九大精神国家社科基金专项课题（等同于国家社科基金重大项目）立项。
2018年3月，
上海社会科学院智库研究中心连续五年发布《中国智库报告——影响力排名与政策建议》，将中山大学自贸区综合研究院评为“中国特色新型智库”。
2018年5月，李善民教授领衔的中山大学自贸区综合研究院课题组向中央提交决策咨询报告《关于推动粤港澳大湾区“国际一流湾区和世界级城市群”建设的建议》，被全国社科规划办《国家高端智库报告》采纳后，获得中央领导的重要批示。