2005年9月，中国科学院院士
章梓雄(现已去世)教授获聘为工学院院长。同时,为加强学院的学科建设, 学校也把应用力学与工程系调进工学院。工学院的发展规划是以应用力学与工程系为基础，重点发展海洋工程、能源工程、交通工程和生物医学工程四大研究中心，争取早日建设成为国内一流并具有自身特色的工学院。
工学院现有教职工69人，其中教授21人（含博士生导师14人）、副教授17人，高级工程师2人。拥有
生物医学工程、力学2个一级学科博士点，工程力学、流体力学、热物理与能源利用技术3个二级学科博士点，力学、
交通运输工程2个一级学科硕士点，热物理与能源利用技术、工程热物理、港口、海岸及近海工程、电力电子与电力传动4个二级学科硕士点，以及
理论与应用力学、交通工程、生物医学工程、
热能与动力工程4个本科专业。学院还设有软件工程（交通信息工程及控制方向）工程硕士专业，培养交通信息工程及控制和软件工程领域的复合型高层次人才。
学院现有固定编制教职工77人，专业教师60人，其中教授19人（博导16人）、副教授17人，讲师（含师资博士后）24人。目前有“广东省引进领军人才”1人，新世纪优秀人才4人，广东省引进创新科研团队1个（纳米力学和骨关节纳米工程创新科研团队）。学院教学科研条件优越，位于东校区的工学院大楼建筑面积近2万平方米，为各学科提供良好的科研和实验环境。
学院将人才培养与国家发展、产业需求密切结合，针对学科特色，以创新能力培养为核心，强调厚基础、应用型、复合型、创新型以及国际化人才培养。此外，学院十分重视并不断拓展国内外合作交流，已与美国、澳大利亚、俄罗斯、德国、瑞士、新加坡、香港等多个国家和地区的著名高校、科研机构及公司企业建立密切联系。
目前，结合建设创新型国家、创新型广东的战略要求，学院重点发展已有一级学科博士点的
生物医学工程学科，并借助广州市作为国家中心城市及“
创新型城市”的资源优势，努力将生物医学工程打造为“背靠工科、面向医科”的优势学科，推动省市校共建生物医学工程公共创新平台，力求通过政产学研的新模式强化学科建设，为带动地方相关新兴产业的发展做出努力和贡献。
工学院现有力学、交通信息工程及控制、能源科学与工程、电力电子与电力传动、工业设计与先进制造、安全工程、控制网络与信息安全等七个学科方向，并准备大力发展海洋工程。设有广东省智能交通重点实验室、
中山大学电力电子及控制技术研究所、
中山大学工程力学研究所、
中山大学-BP液化天然气教育培训与研究中心，以及工学院智能交通研究中心、汽车中心、风资源研究中心、安全工程研究中心、自动识别技术研究中心和地下工程与信息技术研究中心等研究机构，并已在各自领域取得了显著的研究成果。目前承担各级科研项目70余项，科研经费逾2000万元；另参与丁肇中教授主持的AMS-02大型国际合作项目、中山大学与英国BP公司合作的
液化天然气项目，并负责中澳天然气伙伴基金培训项目，总经费逾8000万元。