中国共产党和
中央人民政府历来强调要帮助各个民族发展经济和文化事业。早在20世纪60年代，共和国第一代领导人毛泽东同志就指出，“中国的国民经济没有少数民族经济是不行的”。我国少数民族经济是整个国家经济总体中的重要部分，民族地区经济不发展，中国的经济就不可能持续、稳固的发展。没有少数民族地区的社会主义现代化，也就不可能有全中国的社会主义现代化。1978年11月下旬，国家民委、中国社会科学院民族研究所、
中央民族学院联合召开了“民族问题理论座谈会”，会议的重点论文“民族问题和四个现代化”一文，明确地将民族问题同四个现代化联系在一起。会议还提出了“民族问题学术研究必须坚持为当前少数民族地区社会主义经济建设服务”的方针。1979年3月，在北京的全国经济科学规划会议上，中央民族学院的代表论证了加强研究少数民族经济的意义，建议在全国经济科学发展规划中增设“中国少数民族经济”。这一建议被会议采纳并列为全国经济科学发展规划（1978—1985）的第27个学科（为当时确定的30个学科之一）。同年9月份，在中央民族学院召开的庆祝国庆三十周年学术会上，施正一教授进一步说明了以马克思主义民族学和马克思主义经济学原理为理论依据的、紧密结合中国社会主义经济建设需要的“民族经济学”新学科。这个建议得到了许多知名学者如：于光远、牙含章、张养吾，以及杨静仁、杨东生、胡嘉宾等领导同志的赞同和支持。1980年3月，经国家民委党组会议批准，开始筹建中央民族学院少数民族经济研究所，同时筹建成立
中国少数民族经济研究会。一年多以后，中央民族学院少数民族经济研究所和中国少数民族经济研究会正式成立。至此，一个以研究民族经济基础理论和少数民族地区经济发展战略为主线的的新兴学科在中华大地的泱泱学海中诞生了。
少数民族经济研究所自成立之后至2000年8月一直是中央民族大学内的独立教学研究机构。自2000年9月起，大学进行体制改革，成立了经济学院，研究所归属于经济学院，但是经济研究所依然享有独立的财政权、行政权、招生权和学位授于权，学科特色依然鲜明。
少数民族经济研究所工作的基本方针与原则是：以马克思主义为指导，遵循邓小平建设有中国特色的社会主义理论，在中国共产党的领导下，为国家的社会主义现代化服务；为民族地区的经济建设服务；为党和国家的民族工作服务；为培养造就少数民族经济专业人才服务。研究工作必须面向教学、面向民族地区，教学工作必须突出教书育人、并与科研相结合的原则。要动员全体人员积极参与国家实施的西部大开发战略，不断探索与创新促进民族地区经济发展的新理论、新观点，同时，经常与及时地向国家机关提供有价值的经济决策参考方案。