中国药学发展基金是由
马剑文教授创建并募集基金。在1994年第一次“药物质量研究奖励基金委员会”全会讨论章程和奖励办法基金会文件时，根据全体委员的意见，各称改成“药学发展基金会”，并于1994年6月21日在北京正式成立。1996年元月，被中国科协批准，国家民政部备案，名称正式为
中国科学技术发展基金会药学发展基金委员会。现已有基金500万元，并按1998年9月27日国务院第18号令发布的“基金会管理办法”的规定，制订了相应的章程、奖励办法、捐赠协议、财务管理办法规章制度。
药学发展基金的奖励活动已进行过3届，中国药学发展奖于2001年3月8日被国家科学技术奖奖励工作办公室正式批准，成为全国医药两大领域奖项之一。根据药学发展基金章程、奖励办法、审评程序。本奖分初评和终评。
中国药学发展奖是由中国科学技术发展基金会药学发展基金委员会所设立，旨在奖励药物研究成果。中国药学发展奖包括有特别贡献奖、中药奖、生物技术药品奖、药物化学奖、药理学奖、药剂学奖、药物分析奖、医院药学管理奖和药学企业管理奖。