中国船舶工业系统工程研究院前身船舶系统工程部成立于1970年，隶属于中国船舶集团有限公司，是我国最早将系统工程理论和方法应用于海军装备技术发展、最早以“系统工程”命名的军工科研单位。
截至2019年底，系统工程研究院共获得科技进步奖451项，其中国家级奖项28项，省部级奖项250项；获得授权专利852项, 专利申请2070件，软件著作权登记401件。
两次被中共中央、国务院、中央军委授予“某装备发展建设工程重大贡献奖”，曾被国务院、中央军委联合授予“某工程建设重大贡献奖”，被国防科工局授予“国防科技工业军工文化建设示范单位”称号。获得“中国产学研合作军民融合奖”、“中国产学研合作好案例奖”、“全国老干部工作先进集体”称号。先后多次获得“全军装备预先研究先进集体”、“军工能力建设先进单位”、“中央企业先进集体”、“中央国家机关文明单位标兵”、“社会公益组织优秀合作单位”等荣誉称号。
截至2019年底，系统工程研究院/电科共有在职员工3382人（含子公司）。其中：国家级劳动模范1人，中央企业劳动模范(省部级)1人,集团级劳动模范5人，荣获“有突出
贡献的中青年专家”称号3人；享受政府特殊津贴12人；船舶优秀青年人才5人；国防科技工业“511人才工程”5人；优秀青年科技工作者（集团级）4人；跨世纪舰船科技英才2人；中央国家机关“巾帼建功”3人；中央企业青年五四奖章获得者1人；数十名科研人员担任部队、科工局、工信部、公安部专家，国家标准化委员会委员1名，ISO注册专家2名。
双聘院士”1人，“外聘院士”2人；集团公司首席专家1名、学科带头人4名；研究院高级专家10人。