中国协和医科大学是我国唯一的设有8年制临床医学专业的重点医科大学，其前身是“北京协和医学院”，由美国洛克菲勒基金会于1917年创办。中国协和医科大学基础医学院、中国医学科学院基础医学研究所成立于1978年，是一所学科齐全、设备先进、力量雄厚的科研院所。全院（所）现有正副教授104人，其中中国科学院院士4人，中国工程院院士2人。

基础医学院以学科建设为基础，重视科研发展和人才培养。现有15个学系和一个对国内外开放的医学分子生物学国家重点实验室，承担着科研和教学两大任务。科研方面侧重于疾病相关基因、功能基因组、基因表达调控、蛋白质组学、分子免疫以及医学遗传等方面的基础性研究，同时也注重开发具有自主知识产权的生物医药高新技术产品。承担着国家重大基础性研究计划（973）、高技术计划（863）、攀登计划、十五攻关计划及国家自然科学基金重大、重点等100多项国家级科研项目。建所20多年来共取得了100多项科研成果，其中获国家一、二、三等奖30余项。1986年国家设立基金制以来，共承担各类科研课题1000余项，发表学术论文2000多篇。教学方面承担着协和医科大学八年制医学本科生和硕、博士研究生的教学任务，是国家首批批准的博士学位和硕士学位授予单位，现有博士生导师52名，硕士生导师34名，在读研究生300多人，并建立了基础医学博士后流动站。生化及分子生物学、药理学、细胞生物学、医学遗传学、免疫学和病理-病理生理学为国家重点学科点。

在科技部和卫生部的领导和支持下，基础医学院建立了先进的实验技术支撑条件和良好的学术环境。基础医学细胞中心建有100多平方米对国内外开放的细胞培养室，可以提供规范的细胞株和细胞培养服务；中心实验室拥有流式细胞仪、质谱、共聚焦显微镜等先进仪器设备，具备开展分子和细胞水平最前沿研究工作的条件；还拥有达到GMP标准的基因工程药物中试基地和SPF级的实验动物中心；中国医学科学院的蛋白质组学研究中心和组织工程研究中心也挂靠在这里。

基础医学院具有良好的学术交流和合作基础，在国内外享有较高的声誉和地位，许多专家在国际、国内学术机构担任重要职务。世界卫生组织（WHO）在所（院）设有免疫学研究合作中心和遗传病控制中心。中国免疫学会、中国生物医学工程学会、中国生化及分子生物学学会医学生化专业委员会、北京生理科学会、中华医学会医学遗传学会等学术机构挂靠在所（院）。《基础医学与临床》杂志，由所（院）与协和医院合作承办。

近年来，基础医学院科技成果转化工作取得了较大发展，共有20多项科研成果获得新药证书和发明专利。其中具有自主知识产权的表皮生长因子（EGF）滴眼剂和吗啡胶体金检测诊断试纸分别获得国家一类新药和新生物制品证书，并已批准上市。基础医学院希望进一步加强与企业的合作，促进科学研究的发展和成果转化，为提高人民的健康水平服务。

基础医学院的总体发展目标是建成国家级的基础医学创新研究基地，高级医学人才培养基地和生物医药高新技术产品的研发基地。在新的世纪中，基础医学院将以“严谨、博精、创新、奉献”的精神，为实现这个目标而努力奋斗。