中国农业科学院农产品加工研究所成立于2003年12月，是中国农产品加工领域的公益类国家级科研机构。

2002年10月，经国家有关部委批准，在原原子能利用研究所学科调整基础上新组建中国农业科学院农产品加工研究所。

2003年12月，中国农业科学院农产品加工研究所成立。

2008年9月，中国与阿根廷签订了“建立中国—阿根廷食品科学技术中心议定书”，中国科学技术部委托中国农业科学院农产品加工研究所作为中心的依托单位，负责项目的实施。

2010年5月，中国农业科学院农产品加工所与联邦德国联邦风险评估研究所（BfR）在北京签署了科技合作备忘录。

2011年10月，中国农业科学院农产品加工研究所-日本农业食品产业技术综合研究机构食品综合研究所农产品加工联合实验室揭牌成立。

2012年9月，中国农业科学院农产品加工研究所与美国农业部东部研究中心签署了双边科技合作协议，正式建立了中-美农产品加工联合研究中心。11月，中国农业科学院-北爱尔兰农业食品与生物技术研究所肉品科学联合研究中心揭牌成立。12月，中国农业科学院农产品加工研究所-国际真菌毒素学会真菌毒素联合研究中心成立。

2013年，中国农业科学院-加拿大农业部食品多糖研究中心挂牌成立。4月，中国农业科学院农产品加工研究所-日本Thera-projects Associates食品工程联合实验室挂牌成立。同年，中国农业科学院农产品加工研究所入选国家农业科技创新工程首批试点单位。

2014年5，中国农业科学院农产品加工研究所-美国马萨诸塞大学联合研究中心挂牌成立。11月，中国农业科学院农产品加工研究所与荷兰瓦赫宁根大学签署合作协议，建立乳品联合研究中心。

2015年1月，中国农业科学院农产品加工研究所与国际玉米小麦改良中心（CIMMYT）签署科技合作协议。

截至2014年12月，农产品加工研究所共有在职职工176人，其中科技人员155人，享受国务院特殊津贴3人，研究员22人，副研究员30人，具有博士学位的研究人员77名，在站博士后12人，各类在读学生182人。截至2014年，研究所在职职工中具有硕士及以上学历人数占全所职工总数的80%，35岁以下职工占全所职工总数的65%。

正高级职称：王凤忠、康威、王强、张德权、王春霞、范蓓、王锋、刘红芝、郭波莉、张波、王振宇、吕加平、逄晓阳、木泰华、胡宏海、毕金峰、刘璇、唐选明、佟立涛、王琼、郑金铠、石鹏君、张春晖、黄 峰、辛凤姣、邢福国、郭维、李熠、刘淑艳、张荣、陈清

副高级职称：邓红亮、董维、王益慧、朱捷、董一威、刘晓娜、江均平、司智陟、石爱民、郭芹、李欣、刘丽、陈丽、侯成立、段玉权、高杰、高美须、李娟、李淑英、刘璇、孙红男、孙艳丽、陈芹芹、孙玉凤、夏双梅、单吉浩、杨志君、易建勇、张书文、张苗、张春江、张明晶、刘丽娅、王丽丽、李春梅、林琼、张洁、李敏敏、李侠、王盈、李春红

截至2015年3月，农产品加工研究所共有1个国家技术研发中心、1个农业部重点实验室、1个农业部质量安全风险评估实验室、1个农业部实验室、1个农业部质量监督检验测试中心、3个研究所实验室、9个研究所研究室、3个研究所开发机构、8个农产品加工科技国际合作平台。

研究所是中国优质农产品开发服务协会农产品加工分会会长单位，是中国淀粉工业协会甘薯淀粉专业委员会、中国菌物学会真菌毒素专业委员会、中国农学会农产品贮藏加工分会农业生物毒素专业委员会的依托单位。

国家技术研发中心：国家农产品加工技术研发中心

农业部重点实验室：农业部农产品加工重点实验室

农业部质量安全风险评估实验室：农业部农产品加工质量安全风险评估实验室（北京）

农业部实验室：农业部农药登记农产品加工残留实验室

农业部质量监督检验测试中心：农业部农产加工品质量监督检验测试中心（北京）

研究所实验室：粮油加工综合利用技术集成实验室、中式肉类菜肴制品加工技术集成实验室、薯类主粮化加工技术集成实验室

研究所研究室：粮油加工研究室、畜产加工研究室、传统食品与装备研究室、果蔬加工研究室、保鲜与物流研究室、质量与生物安全研究室、营养健康与功能食品研究室、生物制造与食品工厂研究室、产业政策与战略研究室

研究所开发机构：北京中农加科技发展有限公司、物业中心、中国农业辐照中心

农产品加工科技国际合作平台：中-阿食品科学与技术中心、中-美农产品加工联合研究中心 、中-德农产品加工联合研究中心、中-英肉品科学联合研究中心、中-意真菌毒素联合研究中心、中-日食品工程联合实验室、中-加多糖联合研究中心、中-美马赛诸塞大学联合研究中心

截至2014年12月，农产品加工研究所共以第一完成单位进行科技成果鉴定/评价29项，以第一完成单位获国家技术发明奖1项，省部级奖励16项，社会奖励9项；申请国家专利295余项，授权专利103项；以加工所为第一单位在各类学术刊物上发表文章845篇，其中SCI/EI收录共计147篇；主编或参编著作70余部。“十二五”以来，研究所先后承担973计划、863计划、国家自然基金、支撑计划、公益性行业科研专项、基础性工作专项以及国际合作项目等180余项，合同经费1.8亿元，留所经费1.3亿元。

《核农学报》（ISSN 1000-8551，CN 11-2265/S）创刊于1987年,是由中国农业农村部主管，中国原子能农学会与中国农业科学院农产品加工研究所（前中国农业科学院原子能利用研究所）联合主办的综合性、学术性月刊，设有“植物诱变育种·农业生物技术”、“农产品辐照研究·食品科学”、“同位素示踪·资源环境·动植物生理”三个栏目。主要刊登核技术在农业中的应用，包括各种辐射源人工诱变遗传和育种技术、食品辐照加工技术和同位素示踪技术等学术论文、综述；同时刊登农业其他相关领域，如农产品和食品贮藏加工、分子生物学、环境保护、生态农业、农业生物技术、节水农业等方面的学术论文。

《核农学报》作为文献源被中国知网、万方数据库、北京大学中文核心期刊、中国科技论文统计源期刊、中国科学引文数据库统计期刊、RCCS中国核心学术期刊A级和中国农业核心期刊等国内知名数据库收录。《2017年中国科技期刊引证报告（核心版）》公布，《核农学报》2017年的影响因子为1.238，在37本综合农业类期刊中排名第四。

《核农学报》属“中文核心期刊”、“中国科技论文统计源期刊”和“中国科学引文数据库统计期刊”，是北京大学图书馆和北京高校图书馆期刊工作研究会编制的《中文核心期刊目录总览》中全国农学类核心期刊，被浙江大学、上海农业科学院等多家单位认定为一级期刊。

据研究所官网显示，截至2021年11月，研究所有以下博士、硕士专业：

博士专业包括：农产品质量与食物安全，农产品加工利用，生物化学与分子生物学。

硕士专业包括：食品科学，粮食、油脂及植物蛋白工程，农产品加工及贮藏工程，生物与医药（食品工程方向，专业学位），食品加工与安全（专业学位），生物化学与分子生物学，农业管理（专业学位），农业经济管理。

截至2015年3月，农产品加工研究所共有博士生导师15人，硕士生导师42人。建所12年来已培养研究生744人，其中博士68人，硕士282人，留学生21人，联合培养硕士生351人，出站博士后8人。在读研究生235人，其中博士生33人，硕士生84人，在站博士后11人，留学生14人，联合培养硕士生93人。

截至2015年3月，农产品加工研究所先后与国内近百家农产品加工企业开展了各种形式的科技合作。主要合作企业有金沙河面业、蒙都羊业、雏鹰集团、白象集团、华隆（乳山）食品公司等，合同金额达到2亿多元。

截至2015年3月，农产品加工研究所先后成立中国农业科学院农产品加工研究所塔里木大学分中心、中国农业科学院农产品加工研究所德州农产品加工综合试验站、中国农业科学院合肥安全食品研究院、中国农业科学院农产品加工研究所——陕西师范大学联合研究中心，在安徽巢湖经济开发区和山东省潍坊市分别建设食品营养与健康创新研究院和食品科学与工程技术研究院。在河南驻马店、山东东营等地布局建设创新中心。

截至2015年3月，农产品加工研究所与河南省农业科学院、辽宁省农业科学院、吉林省农业科学院、黑龙江省农业科学院、山东省农业科学院、江苏省农业科学院、湖南省农业科学院、湖北省农业科学院、新疆农业科学院、新疆农垦科学院、塔里木大学、陕西师范大学、陕西科技大学、西北农林科技大学等签署了学科共建协议。

为邢台金沙河面业有限责任公司、山东金胜粮油集团有限公司、丰益（上海）生物季黍研发中心有限公司、海底捞等300余家合作企业提供了产品研发、技术改造、标准制定、品牌建设、人才培训等技术服务，研制新产品1000余件。通过技术成果转化与推广服务，平均年度带动企业新增产值340多亿元，地方新增税收20多亿元，企业新增利润30亿元。

截至2019年10月，承担联合国食农组织（FAO）食品科学参考实验室筹建工作，并作为FAO南南合作中国伙伴整体进入Gateway平台，向全世界开放研究所资源和专家信息，代表FAO承担指导农产品加工技术研究、开发、技术转移与培训、青年学者交流、技术示范等相关工作任务。代表中国政府承建了“中国-阿根廷食品科学技术中心”、“中国-以色列农业联合研究中心”。目前研究所与美、德、法、意、澳、加等国家国际一流科研院所签署国际合作协议66份，建立国际合作平台22个，通过人员交流、研究生联合培养、共同申请国际合作项目和共同举办国际会议等方式不断夯实国际合作平台建设。

截至2015年3月，农产品加工研究所共承担科技部对发展中国家援助项目“中国-阿根食品科学技术中心”、“肉品质量与安全及溯源技术”，科技部国际合作专项“植物蛋白加工与利用技术”、“农副产品中功能成分制备关键技术合作”，科技部港澳台项目“中式肉制品工业化加工与危害物控制”，农业部948项目“农产品加工副产物高值化利用技术引进与利用”，国家外专局高端外专项目“食品及饲料中多种真菌毒素的快速增强检测分析方法研究”等国际合作项目近20项，经费达2000万元。

截至2015年3月，近两年来，农产品加工研究所共举办了2014国际真菌毒素大会、中-阿食品科学技术中心研讨会、中-欧农产品加工技术交流研讨会等大型国际会议8次。创新工程启动以来，农产品加工研究所先后聘请美国、加拿大、德国、法国等食品科学领域院士、知名学者8人为研究所特聘研究员，与国内特聘专家一起组成创新工程咨询专家组。

2013-2014年，农产品加工研究所通过国家留学基金委、国际组织等渠道共派出青年科研人员10人赴国外一流科研院所和高校进修。

农产品加工研究所所徽由河流状的图案构成，背景上部是绿色，下部分是蓝色。

所训：博学笃行、修身格物、求实创新

使命：食养天下

愿景：国内第一、世界一流

作风：团结、紧张、严肃、活泼

精神：敢为人先的开拓精神、艰苦奋斗的创业精神、勇于担当的脊梁精神、攻坚克难的亮剑精神