2002年2月1日，基金会联合
中国红十字基金会在中共中央统战部、农工民主党中央、
卫生部、
文化部、
国家食品药品监督管理局、国家邮政局等党政部门的支持下，推出了为期十年的大型公益活动——“中国健康扶贫工程”。
旨在通过开展系列化公益服务项目，推动中国基层及农村贫困地区的
医疗卫生保健事业，缩小城乡居民的健康差距，改善弱势人群的生存质量，彰显“人人健康”的社会公平与公正，逐步消除因生病导致贫困和因为生病而贫困。
开展“中国健康扶贫工程” 以来，以“维护居民健康”为中心，以“坚持预防为主，减少疾病发生，提高居民健康水平”为目标，深入分析和把握新形势下影响城乡居民健康的各种因素、城乡居民的疾病负担以及城乡居民健康中存在的主要问 题，联合中华医学会、
北京大学医学部等医疗、卫生、科研机构，筛选出了一系列成本效益好、适合我国国情的适宜技术和干预策略，帮助地方人民政府和卫生行政部门为农村初级卫生保健解决筹资、服务、人才、科研方面的困难。截至2008年底，开展的“社区疾病防治”、“资助基层卫生人员培训”、资助基层卫生机构服务能力建设”等公益项目已覆盖全国29省，100余地市，800余县（市）区；直接惠泽人口8000万人；实现公益规模20亿余元，受到了社会的广泛关注和群众的好评。
● 2006年1月14日，中国初级卫生保健基金会和北京大学医学部联合成立“全国社区疾病防治中心”。该中心主任由北京大学常务副校长、医学部常务副主任柯杨教授担任。 中心下设肿瘤防治中心、消化道疾病防治中心、妇科疾病防治中心、血管疾病防治中心、糖尿病防治中心、病理中心、微创与无创技术推广中心等机构。该中心的主要任务是倡导和推广
社区卫生服务，指导农村基层医疗机构开展疾病普查，重点开展对社区常见病、多发病，特别是对慢性病和
恶性肿瘤防治的指导工作。
同年4月22日，中国初级卫生保健基金会和北京大学医学部在北京人民大会堂举行了“社区疾病防治项目启动仪式”，基金会理事长蒋正华和
北京大学常务副校长
柯杨出席仪式并讲话。社区疾病防治中心的成立，是社会公益组织与高校联合，通过动员全社会力量和整合社会资源，参与健康扶贫事业和社区疾病防治工作的一个有益的尝试，是使基层社区尤其是广大农村数以万计的群众受益、造福于民的善举。
提高妇女健康水平，特别是关注农村地区妇女健康是实现“人人享有初级卫生保健”的重要内容，也是衡量社会公平与进步的重要尺度。我国有3.43亿育龄妇女且大部分生活在农村，而我国80%妇幼卫生保健资源却集中在城市。长期以来，由于受经济条件、传统观念和生活习惯等因素的制约，致使影响妇女健康的宫颈癌、乳腺癌发病率呈逐年上升趋势。我国妇女乳腺癌发病率以每年3%—4%的速度递增，宫颈癌发病率占全世界的28.8%，为发达国家的6倍，并呈年轻化趋势。“两癌”不仅威胁妇女健康生命安全，且影响夫妻和谐、家庭幸福，给国家和社会带来较重负担。
2003年，基金会所属“中国健康扶贫工程组委会（简称“组委会”）”在农村地区开展相关公益活动时开始注意到农村地区妇女健康问题，并将其列为“中国健康扶贫工程”大型公益活动的主要内容。2004年，组委会组织专家委员会在安徽等省农村地区进行调研，设计妇女病普查普治项目方案；2005年在广西壮族自治区鹿寨县首次开展项目试点，取得了成功；2006年在扩大试点范围的基础上，形成了“免费筛查，低价治疗，大病救助”公益活动模式，面向全国推广展开。截至2008年底，已在24个省（区）的237个县（市）开展了妇女病普查普治工作。
截至2008年底，基金会已在全国26个省、市、自治区，100余个地市，400余个县市区开展了上消化道疾病普查项目，覆盖人口2.2亿人；捐赠普查药具、物品价值人民币7.12亿元；直接资助运作经费300多万元；接受免费普查达4200余万人；查出上消化道疾病110余万例；查出癌前疾病21余万例；查出癌症6200余例；资助肿瘤患者治疗费100余万元人民币，其中资助580位早期癌症患者救治资金59万元。为此，300多个县（市、区）人民政府给基金会赠送锦旗和纪念品表示感谢，数十家媒体予以报道。
●资助基层卫生人员培训：截至2008年底，由基金会基金委员会、健康扶贫工程组委会、定点医院发展基金管理办公室等举办市、县卫生局长、卫生院长培训班21期；以不同形式资助培训卫生局长、院长10000余人次；资助专科技术培训1100多人次。印送《医生就在你身边》等科普读物30万册，《
中国农村卫生事业管理》等杂志23200本。2007年，该项目被民政部评选为“公益性突出、具有较大影响力”的公益项目，并向全国发布和宣传。