两岸共同市场基金会是民间组织，不是官方机构，也没有政党色彩，并将基金会定调在研究论坛的角色，是研拟“两岸共同市场”这个经贸机制，具体运作的规范与互动模式的研究单位。

在台商积极赴大陆投资及大陆当局不断向台湾招商动之际，以财经见长的萧万长经与岛内企业财团领袖会商后，决定筹组两岸共同基会，推动及研究两岸建构共同市场，盼能为两岸政治的和平、统合奠定基础，并期待两岸基金会成立后，能对两岸日益频繁的经贸往来做出贡献。

萧万长卸任“行政院长”后，积极推介两岸共同市场概念，并展开游说企业界捐款，结合台湾包括台积电董事长张忠谋、统一企业集团总裁高清愿、国泰人寿董事长蔡宏图以及新光集团的吴东进、吴东亮等人于2001年3月共同筹组成立“两岸共同市场基金会”。尽管台湾经济不景气，萧万长还是集合了包括自己在内的20位捐助人，每人捐款新台币500万元，成立规模1亿元的两岸共同市场基金会。

基金会为建构两岸经济统合，促进两岸经济发展，提升两岸人民福祉，并藉以促进全球经贸繁荣与和平为宗旨。

1.关于「两岸共同市场」之研究及策各分析事宜。

2.关于促进两岸经贸、技术、人才等交流活动事宜。

3.关于提升两岸产业竞争力与产业转型之策略分析及专题研讨等事宜。

4.关于加入世界贸易组织后两岸经贸关系发展趋势之研析等。

5.办理有关两岸经贸之资讯搜集及谘询服务等事宜。

6.关于推动「两岸共同市场」之研讨、讲习、出版等相关事宜。

7.关于其他「两岸共同市场」相关之活动。

8.接受主管机关或其他相关单位委办事项。

本基金会置董事长一人，由董事互选之，综理本会一切会务，并对外代表本会。

本基金会执行长由董事长提名，经董事会通过後任命之，承董事长之命处理基金会会务。

本基金会并依业务功能设置研究部、综合企划部、行政部等三部门。

研究部下设研究中心及图书资讯组两单位。研究中心聘请专任或特约研究员，负责「两岸共同市场」之研究及策略分析、关於提昇两岸企业竞争力与产业转型之策略分析和专题研究，以及有关加入世界贸易组织後两岸经贸关系发展趋势等攸关「两岸共同市场」之重大议题研究，并汇整产、官、学界和各界社会精英之意见以收集思广益之效。图书资讯组负责蒐集、管理国内外有关两岸经贸之资讯蒐集及谘询服务。

综合企划部下设企划活动组及联络交流组两单位。企划活动组负责本基金会各类活动之举办，并推动产、官、学界和各界社会精英对「两岸共同市场」相关议题之研讨、讲习，以及将研究成果汇整出版等事宜。联络交流组负责促进两岸经贸、技术、人才等交流活动之联络事宜，并负责建立两岸学者、产业界等各界精英长期交换意见之讯息网络。

行政部下分人事、财务与总务三组，分别负责本基金会的人事、财务和总务。

海基会是“政府”指定的机构，是与对岸做对口的单位，是与对岸对等的机构；基金会则只锁定两岸共同市场，为研究、推动的议题，因此，性质上是完全不同的两个单位。

2008年4月，中共中央总书记胡锦涛12日在博鳌会见了萧万长先生率领的台湾两岸共同市场基金会代表团一行。

2013年10月6日，中共中央总书记习近平在印度尼西亚巴厘岛会见台湾两岸共同市场基金会荣誉董事长萧万长一行。

2014年11月9日，中共中央总书记习近平在北京人民大会堂会见台湾两岸共同市场基金会荣誉董事长萧万长一行。