特殊两国论，或称两国论，指1999年7月9日下午，当时台湾地区领导人李登辉接受德国之声录影专访时，对于两岸关系的一个诠释。即：1991年以后“修宪”之后，已将台湾地区“范围”限定于台、澎、金、马，台湾地区正副领导人与“国会议员”也仅为台湾地区选出，并也承认大陆的合法性。台湾和大陆的关系是“国家与国家”，或“至少是特殊的国(state)与国(state)的关系”，而非“一合法政府、一叛乱政府”，或“一中央政府、一地方政府”的“一个中国”内部关系。

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从1949年开始，海峡两岸处于敌对隔绝状态。1987年，当时台湾地区领导人蒋经国开放台湾民众赴大陆探亲，两岸重开接触。

1990年，李登辉当选台湾地区领导人后，连续成立“国家统一委员会”（“国统会”）、台湾陆委会（“陆委会”）与“海峡交流基金会”（“海基会”），两岸互动益形密切，但关系的定位一直未有明确定位。

1993年4月，“海基会”与“海峡两岸关系协会”（“海协会”）举行第一次辜汪会谈。但1996年李登辉访问美国后，两岸关系陷入低潮。

1997年7月1日，香港回归祖国，一国两制对台湾的压力益增，美国又不断有人主张两岸应签订中程协议，故李登辉指示成立“强化台湾地区国家地位专案小组”研究对策。1999年5月间，该小组研议以“特殊的国与国关系”为两岸关系定位。

1999年7月9日下午，德国之声电视台总裁Dieter Weirich、德国之声亚洲部主任Gunter Knabe与德国之声记者Simone de Manso由台“行政院新闻局局长”程建人陪同，到台当局领导人府邸录影专访李登辉。他们问道，在并非实际可行的“宣布台湾独立”与不被大多数台湾人民接受的“一国两制”之间，是否有折衷的方案？李登辉答：“当局从1912年建立以来，一直都是‘主权独立’的‘国家’，又在1991年的‘修宪’后，两岸关系定位在特殊的‘国’与‘国’关系，所以并没有再宣布‘台湾独立’的必要。”德国时间1999年7月25日21时整，德国之声的英语卫星频道向全世界播放专访内容，而文字内容则刊登在德国的《周日世界报》。