1922年5月6日，孙中山在韶关誓师北伐，以许崇智率粤军第二军和梁鸿楷第一师及李福林任右翼，在陈炯明等发动叛变后，任命许崇智为东路讨贼军总司令兼第二军军长。

6月16日陈炯明、叶举等发动叛变，许崇智、李烈钧、李福林、朱培德、梁鸿楷、黄大伟等闻变即在赣州开会，决定由许崇智领第二军、梁鸿楷第一师及朱培德、李福林、黄大伟等部回师，后因在韶关战败，各部分头撤退，其中许崇智率第二军及李福林、黄大伟两部退往赣东，在瑞金休整所部时，深感回师广东一时已不可能。时中山先生与段祺瑞尚保持一定的合作关系，许、李、黄三部合计尚约万人联合驻福建之段系混成旅长王永泉（号百川）进取福州。

是役由王永泉旅担任对延平正面攻击，许军以一部协助王旅侧重击延平之敌，以李福林、黄大伟两部从间道直窥福州。两部间道进至洪山桥时，李厚基猝不及防，仓皇出走，10月13日李福林、黄大伟部遂先入福州，许崇智、徐树铮、王永泉等随亦先后抵达福州。

先生在沪闻捷，任命许崇智为东路讨贼军总司令兼第二军军长，黄大伟为第一军军长，李福林为第三军军长，蒋介石为总司令部参谋长。

东路讨贼军成立之后，所属三军扩编为十二旅，其番号如下：

第一军辖一、二、三、四旅，旅长为王懋功、陈得平、丘鸿钧、龚师曾；

第二军辖五、六、七、八旅，旅长为许济、孙本戎、黄国华、张民达；

第三军辖九、十、十一、十二旅，旅长为林驹、吴近、袁德、郑咏琛。

后又改编李厚基残部一旅为第十三旅，旅长为张毅，辖于第二军。合以其他护士营等直属部队，共约二万人。

后许崇智任张国桢为东路讨贼军第四军军长，使张回粤收编叛军残部。

蒋介石抵福州任总部参谋长后，即对第一军军长黄大伟不满，认为黄大伟恃功骄纵不听指挥。

东路讨贼军虽已成立，但以整补需时，未能立即回师广东。

1923年1月15日，西路讨贼军光复广州。蒋介石赴沪谒见中山先生。蒋向中山先生提出东路讨贼军回师计划，并力陈必须撤换第一军军长黄大伟，始能顺利完成回师讨贼任务。中山先生卒从蒋议下令撤黄职，以许崇智兼任第一军军长职。黄于是愤而投奔陈炯明。

时滇桂军在广州跋扈嚣张，中山先生对滇桂军失望之余，以肃清叛军之主要责任属望于许崇智所率之东路讨贼军。

4月间，许崇智率东路讨贼军自福建开抵潮梅附近，叛军虑前后被夹击，乃由洪兆麟等四个师在汕头通电“独立”，陈炯明则宣称下野。李烈钧遂以大本营总参谋长名义赴汕头收抚叛军残部四师。接着许崇智军亦开入潮汕，不久，洪兆麟部乘沈鸿英公开叛变之际（约在5月间）再度叛变，李烈钧仓皇出走，许崇智率部被腰击于揭阳附近，情形十分狼狈。同时，许军行抵兴梅之部，又为伏于赣南之林虎所部黄任寰、黄业兴、王定华等叛军狙击，损失惨重，伤亡溃散过半。许军几经艰苦始于6月下旬间返抵博罗附近休整。由于东路讨贼军回师失利，各方面对许崇智失望之余，多不谅解，财政当局亦加歧视。

东路讨贼军在博罗休整后，虽曾分担一部分东征任务，但实力不充，作用不大，且曾有一度与桂军同时失败退出博罗。至1924年春，中山先生乃决定取消东路讨贼军名义，改为建国粤军番号，仍以许崇智为粤军总司令，蒋介石为总部参谋长，所辖部队，除原东路讨贼军外，在粤原来粤军除已随陈炯明叛变者外，均归许统辖。