东神奈川站是JR东日本所属的
京滨东北线（实际上属于
东海道本线的一部份）与
横滨线的分歧车站，也是横滨线的起站。根据JR的特定都区市内制度，在购买长途列车的车票时，新子安被视为是“
横滨市内”的一部份。
在东神奈川站东南侧不远处可以见到隶属于
京滨急行电铁的仲木户站，两站之间有高架人行步道相连，具有相当程度的转车功能。
车站月台采
岛式月台2面4线设计，所有月台均能容纳较长的
京滨东北线列车（10辆编组）。由于
横滨线的设计关系，本站内侧2个月台由横滨线列车使用，外侧2个月台则由
京滨东北线列车使用。