2008年4月15日傍晚,东湖站中铁隧道公司承建的盾构工地发生爆炸,事故造成8名工人受伤,伤者被迅速送往医院救治,其中1名工人不治身亡。现场目击者称,导致这起爆炸事件的是乙炔瓶,估计是工人在进行焊接作业时操作不慎所致。
2009年7月9日,广州地铁组织各媒体采访东湖站II号过街通道顶管施工,这条穿越广州最繁华闹市区的线路,无论从初期到远期,规划仅采用四辆编组(即4节车厢)。次日《
广州日报》发文质疑六号线采用4节编组设计会导致乘坐拥挤;随后《
信息时报》、《
南方日报》、《
羊城晚报》及《
新快报》均发表文章或社评,关注此问题。广州地铁由始至终均无回应该问题。
广州地铁10号线和广州地铁12号线将设有东湖站,并设置与6号线的换乘,使本站成为广州地铁的一个换乘枢纽站,但6号线设计之初并未预留与10号线和12号线的换乘位置,预计需经站厅通道换乘。