海峡西北端连接
维多利亚港及
硫磺海峡，东南端则连接南中国海。该海峡长约5公里，西北最窄处为2公里。海峡地处西北至东南走向的
断裂带，水深达20米以上。东博寮海峡开口面向外海，受洋流影响，风浪比较大。东博寮海峡以及
西博寮海峡同样是是来往南中国海及
珠江流域的必经之路，大型远洋船只通常选择东博寮海峡，但西博寮海峡亦是香港最繁忙的海峡之一。
通过东博寮海峡进入香港的远洋船只需要减速，以便在“银州
领港登船区”接载“领港员”，然后进入西航道往西部海港。当远洋船只离开香港港口，它们亦需要在接近海峡南面的“银州领港员登船区”时减慢速度，让领港员下船。因此，在该海峡航行的船只，平均航速通常不会高于15节。
2009年3月18日，一条长约十米的
座头鲸疑因在迁徙途中迷失方向而误闯东博寮海峡，吸引大批人众观鲸。最后座头鲸在观鲸船散去后重回大海。
2013年7月5日，
中国人民解放军驻香港部队新型导弹轻护舰（056型）596
惠州舰和直升机，在
香港东博寮海峡，
香港特别行政区海上和空中进行联合巡逻。据悉，这是056型护卫舰首次参加
驻港部队海空巡逻。