《东南大学学报（医学版）》创刊于1960年，曾用刊名《南京铁道医学院学报》，是由中华人民共和国教育部主管、东南大学主办的学术期刊。

1960年，《南京铁道医学院学报》创刊。

1964年，《南京铁道医学院学报》停刊。

1983年，《南京铁道医学院学报》复刊。

1987年，该刊以季刊稳定发行。

1989年，《南京铁道医学院学报》获准公开发行。

2001年9月，随着南京铁道医学院与东南大学合并，该刊更名为《东南大学学报（医学版）》。

2003年，该刊刊期由季刊改为双月刊。

2009年11月1日，该刊开始实行网上投稿。

2014年12月，该刊成为中国原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

《东南大学学报（医学版）》主要栏目有实验研究与调查研究、临床研究、综述、技术方法等。

《东南大学学报（医学版）》主要刊登基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学等方面的研究成果及新技术新方法，病例报告以及综述等内容。

据2020年3月《东南大学学报（医学版）》官网显示，《东南大学学报（医学版）》第六届编委会有编委43人。

据2020年3月6日中国知网显示，《东南大学学报（医学版）》共出版文献5486篇。

据2020年3月6日万方数据知识服务平台显示，《东南大学学报（医学版）》共载文5248篇、基金论文量为1695篇。

《东南大学学报（医学版）》是CA化学文摘（美）（2014）来源期刊、JST日本科学技术振兴机构数据库（日）（2018）来源期刊、北京大学《中文核心期刊要目总览》来源期刊（2014年版）、中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊），被中国核心期刊（遴选）数据库、中国学术期刊综合评价数据库、中国科学引文数据库、中国期刊网、中国学术期刊（光盘版）、中文科技期刊数据库、万方数据资源系统、天元数据网等数据库全文收录，同时被《中国药学文摘》、《中国医学文摘》各分册收录。

据2020年3月6日中国知网显示，《东南大学学报（医学版）》总被下载555410次、总被引21857次，（2019版）复合影响因子为1.359、（2019版）综合影响因子为1.238。

据2020年3月6日万方数据知识服务平台显示，《东南大学学报（医学版）》被引量为20493次、下载量为219555次；据2017年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，该刊影响因子为1.23（医药大学学报刊均影响因子为1.0），在全部统计源期刊（6670种）中排第975名。

2000年，首届《CAJ-CÐ规范》执行评优活动中获得“执行优秀奖”。

2010年，《东南大学学报（医学版）》获得“中国科技论文在线优秀期刊”二等奖。

《东南大学学报（医学版）》以分子遗传、影像医学、心脏介入、急诊医学为办刊特色。

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