熊本市交通局所属的熊本市电也在
站前广场设有上熊本站前电车站（上熊本駅前电停）。由于同时是九州西岸的南北向主要干线
鹿儿岛本线、熊本电气铁道的菊池线与
熊本市电的上熊本线三条交通动线的交会点，因此是熊本市区之内非常重要的交通枢纽之一。
JR采一般车站的设计，配置有与站房相连的
侧式月台一座及以地下道相连的
岛式月台一座共三条乘车线。熊本电铁与
熊本市电则都是使用港湾式（头端式）
月台设计，其中熊本电铁将此站定位为无人车站，但熊本市交通局却将此站设为重要车站，除了使用承接自JR九州的旧站房（第二代站房）作为营运据点外，在电车站旁就可看到紧邻的上熊本电车车辆基地。