另外,熊本市交通局所属的熊本市电也在
站前广场设有上熊本站前电车站(上熊本駅前电停)。由于同时是
九州西岸的南北向主要干线
鹿儿岛本线、熊本电气铁道的菊池线与
熊本市电的上熊本线三条交通动线的交会点,因此是熊本市区之内非常重要的交通枢纽之一。
上熊本车站是鹿儿岛线的沿线车站,与熊本电铁及
熊本市电的起点车站,因此在路线与
月台的设计上,JR与另外两家单位的作法有所不同。JR采一般车站的设计,配置有与站房相连的
侧式月台一座及以地下道相连的
岛式月台一座共三条乘车线。熊本电铁与
熊本市电则都是使用港湾式(头端式)
月台设计,其中熊本电铁将此站定位为
无人车站,但熊本市交通局却将此站设为重要车站,除了使用承接自JR
九州的旧站房(第二代站房)作为营运据点外,在电车站旁就可看到紧邻的上熊本电车车辆基地。