上海科学院（Shanghai Academy of Science &Technology），位于上海市浦东新区，系上海市委批准实行独立建制的公益一类事业单位。

1977年11月25日，中共上海市委发文《关于成立上海市科学技术委员会、中国科学院上海分院和上海科学院、恢复上海市科学技术协会的通知》，决定成立中国科学院上海分院和上海科学院（两块牌子、一套班子），统一领导有关科研单位，办公地点在岳阳路319号。

1987年7月，上海科学院实行独立建制，随后办公地点由岳阳路319号迁至中山南二路969号（后又迁至科苑路1278号）。实行独立建制后的上海科学院的任务是管理下放到上海的中央各部门科研机构和部分市科委所属的独立的研究单位和事业单位，协调原属市科委、上海科学院代管的中央部属所的工作，组织这支科技力量为上海经济建设和科技事业的发展服务，并积极探索技术开发机构与企业紧密结合的途径。

截至2016年，全院职工总数约11036人 ，技术人员7612人，其中两院院士7人；博士377人 ，硕士2675人；高级职称2168人，中级职称2716人。

中国科学院院士：赵国屏、王世绩。

中国工程院院士：徐芑南、吴有生、潘镜芙、孙承纬、徐志磊。

内设8个部门

办公室（党委办公室）

组织人事处

规划研究处

科技发展处

财务和资产管理处

安全保卫处

党群工作处（机关和直属单位党委）

纪委（监察室）

上海仪器仪表研究所

上海市脑血管病防治研究所

上海市纳米科技与产业发展促进中心

上海新能源科技成果转化与产业促进中心

上海市轴承技术研究所

上海市生物医药技术研究院

上海市能源研究所

中国船舶重工集团公司第七〇一研究所上海分部

中国船舶重工集团公司第七〇二研究所上海分部

中国船舶重工集团公司第七〇五研究所上海技术工程部

中国船舶重工集团公司第七一〇研究所试验站

中国工程物理研究院上海激光等离子体研究所

中国工程物理研究院上海办事处

中国船舶重工集团公司第七研究院上海工程建设技术开发处

中煤科工集团上海研究院

上海上科信息技术研究所

上海高等应用技术研究中心

2016年，院系统在研科研项目2130项，其中，当年新开854项，新开项目合同金额16.56亿元。共获得各类科技成果奖65项。

院系统各单位共在国内外期刊发表论文487篇，其中，国内核心期刊发表论文416篇。上海生物信息技术研究中心的《关于肝细胞癌的科研工作》发表在国际著名学术期刊《CancerCell》（《癌细胞》）上，影响因子23.214。

院系统各单位主编或参与制定技术标准246项，其中国家标准19项。共申请专利586项，其中区发明专利356项，占申请专利总数的60.75%；获授权专利326项，其中发明专利121项，占授权专利总数的37.12%；申请软件著作权174项，获软件著作权140项。

上海人类基因组研究中心承担的“乙型肝炎病毒感染相关肝癌的功能基因组研究”项目荣获高等学校科学研究优秀成果奖（科学技术）自然科学一等奖，中国船舶重工集团公司第七〇一研究所上海分部“某型舰研制”获国家科技进步奖一等奖。中国船舶重工集团公司第七〇四研究所“国产某装置”、中国船舶工业集团公司第七〇八研究所“X型登陆舰”、核工业第八研究所“XX机专用设备”均获国家科技进步奖二等奖。

2023年9月22日,载运核心装备技术与轻量化智能制造创新联盟成立，会议选举上海科学院等9家单位为副理事长单位。

党委书记：秦文波

党委副书记、院长：孙真荣

副院长：刘燮

党委委员、纪委书记：方勤

党委委员、副院长：谭瑞琮