上海农药研究所建于1963年，是
中国首家建立的
农药专业研究所。1995年经国家科委批准，上海农药研究所成为
国家南方农药创制中心上海基地的依托单位。
同时，化工部上海生物化学工程研究中心，上海市农药标准化技术委员会、上海农药情报中心等机构也设基内。本所还负责专业杂志《
世界农药》（原名《农药译从》）的编辑和发行工作。2000年，本所获得了进出品贸易权，可直接将本所开发的产品出口到海外。建所以来，上海农药研究所先后开发了150多项科研成果，其中90多项已投入工业化生产（包括20余项中间体）主要品种有：
三唑酮、
井冈霉素、
浏阳霉素、
阿维菌素、生物法生产
丙烯酰胺、
氰戊菊酯、
吡虫啉、
快杀稗、敌鼠隆、草除净、烟酰胺等。至今，共申请了国内外专利14项，获国家、部和省市级科技进步奖53项。并长期承担和完成了10多项国家科技攻关项目。