三潭书院，初命名新吾书院，位于湖南省湘西土家族苗族自治州凤凰县吉信镇，距县城22公里。由贵州黔东兵备道吴自发于清同治十三年（1874年）所建。

清同治十一年（1872年），朝廷补发历年拖欠的军饷。吴自发的“诚字营”也因此领到一笔巨款，但营中许多士兵早已阵亡和退役，他们的欠饷无法发放到位。吴自发思来想去，决定拿出8万两饷银，在吉信和板参各修建一所书院，发展家乡教育，为地方培养有用人才。书院竣工后，吴自发亲自命名为“新吾书院”。并且将修建书院剩下的银两为书院购田160亩，作为书院的校产。

清光绪六年（1880年），新吾书院由此更名为三潭书院。

民国三年（1914年），政府废科举兴义学，书院停办。得胜营（今吉信）的百姓为纪念吴自发，改名“存诚学校”。后来凤凰县公署奉令改制，在此开办统编第十小学，形成“县十小”与“存诚”并立格局。学生分高等和初等部。老师工资，学生书籍、灯油、以及贫苦学生困难补助费，均由校方供给。

民国二十六年（1937年）春，凤凰县立第十小学又与凤凰县立第二女子小学合并为凤凰县立第四小学，校址仍在三潭书院。

民国二十九年（1940年），凤凰县立第四小学更名为蔚文乡中心小学。

1952年，蔚文乡中心小学改为团结学区完全小学。

1957年，团结学区完全小学增设初中部。

1969年，团结学区完全小学改为吉信五七学校。

1982年，吉信五七学校改为凤凰县吉信镇中心完全小学。

1988年，三潭书院进行过一次简易维修。

2010年6月29日，三潭书院开始全面维修。

三潭书院正殿为穿斗式重檐歇山顶结构，外面看去是两层，里面实际有三层。回廊为抄手式样和暖廊结构，两面都有槅扇和槛墙半窗封闭起来，既防风保暖，又不妨碍视线和采光。窗户由不规则孔格和漂亮雕花图案构成。连接两边木柱的穿桥枋上，以阳雕手法雕刻有凤凰、青狮、白鹿、仙鹤、芝兰等珍禽异兽和奇花异草。正殿后门是半圆形拱门，外廊为一堵嵌有西洋式花窗的砖墙。走出拱门，左右巷道尽头各有一个月洞门，门上加盖有立柱支撑的庇檐。

书院入门处是用青石与青砖修成的横式牌坊。牌坊下为方门，门上有一横额，上书“三潭书院”四个端正醒目的大字。入方门左转为三丈平坦道路，尽头向右即十三级岩坎，再有三丈平路，又是岩坎十三级，接着是头门楼。该楼为飞尾式，门口有两个大圆形花坛，一植金桂，一植银桂。头门两边之墙呈八字形，两侧用青砖直砌到顶，前后四角，均饰装鳌头，上面用白灰框边，并绘以彩色花卉。两扇大门与直栋横梁，皆用油漆涂料渲染。

三潭书院正院为三层阁楼。底层分三大间，正中为中堂，乃教师点教口授之所。中堂前装六合门，门饰为木雕的方格梅花图案，天楼绘有彩图，地板整齐划一。东西两斋为课堂，乃生童习作之室，每斋可容纳生童40余人。中层供生童住宿，东西两面配有回廊，回廊两端檐角高耸，檐流直下。顶层为藏书之阁。楼面向南北倒水，中冒尖顶，四角突现檐牙。

正院后有房舍三间，为教师卧室。两者间有坪约宽二丈，坪内铺以青石板，坪两端砌有围墙，墙中均开圆门。出正院中门，便下十二级岩坎，是与正院平行的土坪。坪边沿筑白色围墙，坪内植满苍松翠柏。

在头门楼左侧，修有房舍三间，是书院厨房。整个书院之空坪，均用卵石嵌面。正院东角的小坪，栽有四时花卉。

三潭书院的创办，为湘西地区培育了大量优秀人才，特别是涌现出一大批苗族知识分子，有力促进了苗疆政治、经济、教育和社会发展。据不完全统计，从这两所书院共走出1名进士、8名举人、30多名秀才、8名县长、3名副县长、1名院士、4名厅级干部，以及一大批文化名人、大学教授、名校博士和国家公职人员。如中国科学院院士肖纪美、湖南省音乐家协会名誉主席易阳、原湘西州人民政府副州长龙再宇、抗日革屯英雄龙辑伍、抗战少将旅长刘文华、民国凤凰县长肖官麟（肖纪美祖父）、民国两任县长吴幼侠、诗人及打虎英雄吴兰台、著名画家黄永玉母亲杨光蕙等等。

新吾书院的名字来自《庄子·外篇·田子方》：“虽忘乎故吾，吾有不忘者存。”西晋玄学家郭象在《庄子注》一书中对这句话有深入解释：“不忘者存，谓继之以日新也，虽忘故吾，而新吾已至。”今人对“新吾书院”的理解，大多简单从字面去解释是新我之意。认真考量吴自发当时的心境，他真正想表达的应该是“不忘者存，继之日新”这一深层含义。这个书院虽然是他倡修的，但花费的银两是众多吉信子弟用生命换来的。他们甘愿付出牺牲，就是希望后代越来越好。所以，吴自发将书院命名“新吾”，目的是告诫家乡学子不要忘记前人的流血牺牲，要继承弘扬他们的精神，以全新自我不断开创美好未来。所谓新新不停，生生相续，今日之我要胜于昨日之我。这既是一种精神传承，更是教育的意义所在。

三潭书院的名字来自清光绪六年（1880年），吴自发回老家省亲，专程到新吾书院视察。他看到书院布局完全按自己当初设计的图样建造，心里十分满意。接着，他观看了书院现场教学情况。当听到书院山长汇报说，书院正式办学短短几年来，就培养出不少人才，成为除县城敬修书院外全县最好的一座书院。吴自发老怀大慰，连连称赞说心血没有白费。最后，他来到书院前坪上，俯望周围风景。只见坡脚万溶江与冷水溪交汇处，古木掩映，碧流潆洄，漆树潭、杨柳潭、罗布潭如同三星连珠，拱卫书院，真是山清水秀、风光旖旎，书香洋溢、人杰地灵。吴自发看得心旷神怡，陶醉不已，兴致勃勃对陪同自己视察的杨泳秋等人说：“这地方选得好，尤其下面三个水潭如同三星拱月，并且契合了我们三人合力创办书院、共同守护书院发展的初心，我提议将新吾书院改名为三潭书院，作为历史见证，更提醒我们要继续抓好书院建设，为吉信培养更多人才。”于是新吾书院正式更名为三潭书院。

三潭书院是中国苗族地区最大的书院，湖南省现存的四大书院之一，也是凤凰县古代书院建筑唯一保存完整的书院。三潭书院作为民族教育场所，培养了一代又一代英才，为研究湘西民族教育事业的渊源提供了极其重要的依据。

2002年5月19日，三潭书院被湖南省人民政府公布为湖南省省级文物保护单位。

三潭书院，位于湖南省湘西土家族苗族自治州凤凰县吉信镇团结村吉信镇中心完全小学校内。

从凤凰县车站坐吉首方向的车，在吉信下，车票8元；从吉首市乾州街道到吉信镇，车票8元（高速10元）。两方向的道路（209国道）于2014年至2016年进行扩修。

参观三潭书院不收取门票费。