三总界六界系统是生物分类学中出现的一种比原有五界系统更为完善的系统（70年代我国学者陈世骧（1977）及国外一些学者提出）。

陈世骧等认为，原五界分类系统把原生生物界列为一个中间阶段，削弱了原核与真核两个基本阶段的对比性；在原核生物界和原生生物界内，也没有考虑生态关系。为此，去掉原生生物界而成为两总界五界分类系统：原核总界(分为细菌界和蓝藻界)和真核总界(分为植物界、真菌界和动物界)；原来属于原生生物界的生物，依情况分属到植物界、真菌界和动物界；后又将原本没有划入系统的病毒界另立一总界。