万顷沙站，为新建南沙港铁路拟设站点之一，按照一般中间站设计，计划为工业编组站。车站站房位于车站右侧，车站位于平坡道上，设置到发线2条（不含正线），到发线有效长850m，远期预留3条；车站南沙港端预留专用线接轨条件。预留万顷沙综合性货场条件。

南沙港铁路正线线路自广珠铁路鹤山南站引出，向东经雅瑶服务区东侧后，并行广中江高速公路北侧至顺德区均安镇，线路继续向东与在500KV高压线北侧并行高压线，经中山市小榄镇、东凤镇，在鸡鸦水道西侧并上广中江高速公路与公路合建，鸡鸦水道至南头工业大道3.243km长与广中江高速公路合建，线路与广中江高速公路分离后，沿工业大道继续向东，跨南头北互通、下穿广珠城际和广环西线高速公路后，经黄圃海蚀公园遗迹北侧后落地设黄圃站，线路出黄圃站后，线路折向向东南方向，跨越洪奇沥水道进入南沙区万顷沙镇，线路跨京珠高速公路与S111后，在万环西路东侧设万顷沙站，线路出万顷沙站后向东下穿设计中的广东西部沿海铁路，再上跨南沙港快速路、蕉门水道与龙穴大道后，沿疏港大道一侧直至南沙港站。正线长度79.464km，大中桥梁长70.947km，正线桥梁占比89.3%。