万石湖是1952年10月建成的水库，蓄水15万立方米，植物园的各个园区，环绕在万石湖周边。水库经过多年的修饰和建设，现已成为十分秀美的平湖，湖边可欣赏到厦门传统小八景之一的“万石涵翠”，也是厦门二十名景之一。
万石湖它是以中国式的园林布局装饰，主要园区有：松杉园、竹径、蔷薇园、新碑林、小桃源、棕榈岛、百花厅、南洋杉草坪、引种驯化区、仙人掌区、玫瑰园、龙眼荔枝园、药用植物区、兰花圃等29个专类植物区，且园内有水，并饰以楼、台、亭、阁及现代化娱乐、体训设施，是一个风景秀丽、花草芬香的游览娱乐园区。
牡丹美洲的长春花、月下香、竹节海棠、欧洲金鱼草、南洋白纸扇、狗尾红等。在标本楼中，最引人注意的是一盆古榔榆盆景，树龄300多年，造型优美，已制成盆景邮票，1972年，曾送北京参加全国盆景展览。
百花厅建于1979年，作为名花展览馆，连同温室，苗圃等引种驯化区，形成植物园里一组新的建筑群，一处独具风格的游览点。百花厅面积1000多平方米，共有五个展览厅，还有回廊、曲桥、水榭串连其间，环绕着面积1100平方米椭园形荷花池。百花厅除展出珍贵百花之外，还展览以植物园为主题的几百幅书法绘画作品，还有众多名人的题词诗联，故百花厅也是一个艺术厅，让游人欣赏动、静的艺术。
万石山是山海兼备的风景区。北部第二主峰罂山南麓是千年古刹护国禅寺，现已修复一新，成为众多香客朝拜圣地，还有万石莲寺、云中岩寺、太平岩寺、虎溪岩、白鹿洞寺、紫云岩寺、紫竹林寺、万寿岩寺、甘露寺等11座不同规模的庙宇。
闽南佛学院的“女众部”就设在紫竹林寺内，佛教文化与园林文化和谐荟萃，形成独特的风景线！万石山还有美国前总统尼克松带来的美国红松，有1984年胡耀邦同志送来的“中日青年友谊树”大海枣，有菲律宾前总统马科斯夫人伊梅尔达送给周总理的卡特利亚兰。尤为珍贵的是1984年
邓小平、彭真、万里、王震同志视察厦门时亲手种下的千年香樟，现正郁盛繁茂，已长成参天大树！进万石山，看万石美景：翠湖鱼跃，惊散一缕碧烟，深谷鸟啼，平添几分清幽；竹影潇潇，可以涤荡胸襟，松杉笔直，能够砥砺情操；曲径通幽，入林仿古刹，梵音袅袅，驻足分辨，登高望苍海，白帆点点点……是厦门旅游观光、休闲观石赏景、认识热带和亚热带植物、感受生活感受历史文化最为集中的地方。