明朝末年，奸臣当道、东厂篡权。连年的饥荒已使中原大地饿殍遍野，民不聊生。锦衣掌管大臣王澄却不顾百姓的死活，仍然横征暴敛，逼得各地百姓纷纷打出少林真传武士的旗号与王澄对抗。王澄对少林寺本来就恨之入骨，看着不少的百姓不仅纷纷跑道少林寺躲避，而且还打着少林寺的旗号和自己作对，于是召来杀手祁天远，令他去少林寺掠取木棉袈裟，并许诺，成功之后由他接任主持之职。
祁天远（于荣光饰）本是一名被武当山逐出师门的道士，他凭着从武当山学来的武当拳术，无恶不作、败坏武当师门。在王澄（
俞大陆饰）的授意下，他化名了空大师，伙同锦衣卫打手，闯进少林寺大开杀戒，逼迫圆慧大师交出木棉袈裟，让出主持之位。少林武僧毫无防备，终因寡不敌众，死伤大半；圆慧大师也身受重伤，不得已退至藏经阁。外出的大弟子慧能赶回寺院时，寺院已被祁天远完全控制。为了保存实力、保住木棉袈裟不被奸人夺走，圆慧（杨永才饰）命慧能、慧慈（徐芳毅饰）带着幸存的少林弟子杀出重围，将袈裟送往法华寺，交圆秀师叔收藏，自己则自焚身亡。
慧能（
徐向东饰）带着一班少林弟子经过一翻血战后，终于冲出少林寺。可不料在前往法华寺的途中遭到祁天远及锦衣卫的追杀。撕杀中，慧能受伤跳下悬崖，被路过的贩马主林苍伯救起。祈天远一路穷追不舍，林苍伯为救慧能也惨遭杀害。慧能与林苍伯（道尔基饰）的女儿林樱（
林秋萍饰）历尽千辛万苦，终于从魔掌中逃出重围，被武当山云玩真人搭救。而带着袈裟的慧慈在与锦衣卫的搏斗中也不幸身亡。袈裟落入祁天远之手，在王澄的指使下，祁天远准备就任了少林寺的主持。
慧能与林樱在武当山跟随云玩真人练就了破祁天远的绝世武功后，重返少林。就在钟鼓齐鸣，祁天远准备披上木棉袈裟接任主持之际，慧能出现在大雄高殿。在林樱及武当道士的帮助下，一场恶战后，慧能终于化解了祁天远的绝招，打死祁天远，赶走了朝廷的锦衣卫，重新夺回木棉袈裟。慧能披上了木棉袈裟，被全寺寺僧推为少林寺第二十八代主持。
《木棉袈裟》在中国内地各级部门的支持下，拍摄场景横跨塞北、中原和武当山，还在鼓山涌泉寺、闽侯荔园度假村等地方拍摄，动用直升机的支援，航拍万马奔腾等场面。演员大部分都是武术高手，包括群众演员也有武术功底，拍摄时出手太重伤及对方，都习以为常。
一部《木棉袈裟》成为“后少林时代”的武侠扛鼎之作，也让内地观众认识到导演徐小明的全能功力，他不仅能让《大侠霍元甲》和《陈真》的迷踪拳脚虎虎生风，也能让身披《木棉袈裟》的于荣光打出内家拳的绵里藏针。（搜狐娱乐评）
《木棉袈裟》是一部以少林为题材的优秀动作故事片，延续了武术片故事紧凑、情节明快、武打真实的特点。片中没有天上飞来飞去那种夸张表演，一招一式都实实在在。影片厚重的故事渊源和历史背景，给一正一反两个人物平添了不可推卸的文化色彩。慧能与祁天远在影片中，表现了各自门派的武功特点，又通过文戏，展现出少林武当惩恶扬善的道德修行，以及江湖世事尘缘儿女的爱恨情仇。其中，马上大战，花样翻新，难度高，时间长，拍得空前激烈。（《海峡都市报（福州）》、中央电视台评价）