ISSR(inter-simple sequence repeat)是Zietkiewicz等于1994年发展起来的一种
微卫星基础上的
分子标记。其基本原理是:用锚定的
微卫星DNA为引物，即在SSR序列的3'端或5'端加上2-4个随机核苷酸，在PCR反应中，
锚定引物可引起特定位点退火，导致与锚定引物互补的间隔不太大的
重复序列间DNA片段进行
PCR扩增。所扩增的inter SSR区域的多个条带通过聚丙烯酞胺凝胶电泳得以分辨，扩增谱带多为显性表现。
ISSR
引物的开发不像SSR引物那样需测序获得SSR两侧的
单拷贝序列，开发费用降低。与
SSR标记相比，ISSR引物可以在不同的物种间通用，不像SSR标记一样具有较强的
种特异性;与
RAPD和
RFLP相比，ISSR揭示的
多态性较高，可获得几倍于RAPD的
信息量，
精确度几乎可与RFLP相媲美，检测非常方便，因而是一种非常有发展前途的
分子标记。
ISSR标记已广泛应用于植物品种鉴定、
遗传作图、
基因定位、
遗传多样性、进化及
分子生态学研究中。