黑粉菌亚门（学名：Ustilaginomycotina）是担子菌门下的一个亚门。该亚门下含根肿黑粉菌纲（Entorrhizomycetes） 、黑粉菌纲（Ustilaginomycetes）、外担菌纲（Exobasidiomycetes）三个纲及马拉色菌目（Malasseziales）。

根肿黑粉菌纲（Entorrhizomycetes） 根肿黑粉菌目（Entorrhizales）

黑粉菌纲（Ustilaginomycetes） 条黑粉菌目（Urocystales） 黑粉菌目（Ustilaginales）

外担菌纲（Exobasidiomycetes） 实球黑粉菌目（Doassansiales） 叶黑粉菌目（Entylomatales） 外担菌目（Exobasidiales） Georgefischeriales Microstromatales 腥黑粉菌目（Tilletiales） 地位未定 马拉色菌目（Malasseziales）