黑河珍稀水生野生动物国家级自然保护区地处
陕西省周至县境内的黑河流域，2016年5月升级为国家级自然保护区，区域面积是4618.58hm。
黑河珍稀水生野生动物国家级自然保护区由
陕西省人民政府2012年3月5日批准设立省级自然保护区陕西的，
批准文号：陕政函[2012]43号。国务院办公厅于2016年5月2日批准建立国家级自然保护区，批准文号：国办发〔2016〕33号。
保护区以黑河主河道及其支流两岸岸坡最高历史水位线划定。保护区总面积4618.58 hm，其中核心区面积1408.44 hm，缓冲区面积1462.87 hm，实验区面积1747.27 hm。
陕西黑河珍稀水生野生动物自然保护区地处周至县境内的黑河流域，黑河发源于秦岭主峰太白山，是秦岭亚高山溪流生态系统的典型代表。其溪流特征是河床比降大，切割强烈；河面宽窄不一，水急潭多，河床底质多为浑圆状漂砾及大块砾石。河水清澈，水温低，溶氧高，是喜急流、
冷水性鱼类及两栖类的优良栖息场所。气候属暖温带
大陆性季风气候，垂直变化明显。保护区平均气温12.1℃。生物资源丰富，现有鱼类有5目7科28属34种（亚种），藻类6个门23属，
浮游动物种类15种，大型甲壳动物和软体动物7属，
水生昆虫8属。调查显示，保护区水生野生动物资源明显恢复，现存大鲵 3000余尾，秦岭细鳞鲑40000余尾，多鳞铲颌鱼、秦巴北鲵资源非常丰富，水獭在2011年捕获1尾。
陕西黑河珍稀水生野生动物自然保护区管理处由周至县人民政府2003年3月20日正式批准设立，同周至县渔政监督管理站一套人马，两块牌子，编制10人。现有工作人员10人。保护区界限明晰，权属清楚，基础设施完备，已开展了较为有效的保护工作。现已成立保护站3处（就峪、沙梁子、厚畛子），珍稀水生野生动物救护中心1处（就峪）。保护区已开展管护工作8年有余。