黑暗军团是中国动画《神兽金刚》系列登场的虚拟反派组织，拥有很多个分支，截止到第六部登场的组织有黑暗大帝组织，咒冥帝组织，混元帝组织。

介绍：黑暗军团的战舰，每个分支黑暗军团都有自己专属的战舰，目前登场的战舰有黑暗大帝的黑暗战舰，咒冥帝的咒冥舰，混元帝的晶元舰

介绍：黑暗军团研发的专用机械兽，平时像黑战车是个轮子，也可以变身，而且体型巨大，威力巨大。

介绍：黑暗军团研发的专用机械兽，威力巨大，有可以和单个金刚匹敌的实力。

介绍：黑暗军团的专属战车，可以变身为蝎形机械兽。

介绍：黑暗军团的专属战机。

介绍；黑暗军团的专属战艇。

介绍：咒冥帝军团的专用道具，由咒冥帝研发，可以增强力量，第四部黑暗军团利用天锥从人的体内提取暗原能，来制造暗原能倍化星。第五部狼狈组合继续用其倍化用黑晶变成的机械兽。

介绍：混元帝军团的专用道具，由混元帝研发的一种宇宙病毒，可以通过人类的网络恶习从人体内来提取暗原能从而将人类变成黑士兵和机械兽。也可以黑化机械生物，比如黑化了北斗星战队和沉迷手机游戏的玄冥黑怪。

介绍：黑晶的聚合体，拥有同化一切的能力。混元帝将噬晶兽包裹在多个晶元舰上，后来混元帝与噬晶兽融为一体，成了更强的噬晶混元帝。

第一部

黑暗大帝组织是黑暗军团登场的第一个分支，多年前，野心勃勃、一心想统治宇宙的黑暗大帝危害环境、破坏和平，宇宙盟主北斗星王为了阻止他，在经过一番激烈的宇宙大战后，终把黑暗大帝冰封于地球极地冰岩之下，使他与世隔绝。为了防止黑暗大帝破解封印，在冰封黑暗大帝之后，北斗星王在地球高僧的指引下发现了地球六只神兽，用北斗星能量和技术制造了六只神兽金刚，并把他的儿子麒麟王和他的守护精灵小精灵留守在地球上。这六只神兽金刚分别是麒麟金刚、青龙金刚、白虎金刚、玄武金刚、朱雀金刚和鹰龙金刚。只有六位超异能的小孩才能驾驭这六件神兽金刚。黑暗大帝的部下想要打败神兽战队解开黑暗大帝的封印，最终神兽金刚用爱与正义化解了一次又一次的危机。

神兽金刚打败黑暗大帝，再次将其冰封后，人类恢复了平静的生活。令人没有想到的是，比黑暗大帝更为强大的咒冥帝准备侵略地球，突然出现的蜈蚣机械兽对城市进行大肆破坏，，在这危险时刻，地兽战队及时出击，成功消灭了机械兽，保护了人类。与此同时，长城科学院被毁、天神战队下落不明。黑暗大帝之死，接踵而来的谜团逐一揭开新敌人也是神兽金刚2中最大反派咒冥帝的神秘面纱。最终天神战队和地兽战队在蚩尤的帮助下打败了以咒冥帝为首的黑暗军团。

一直觊觎地球水资源的咒冥帝，召唤出地球上的远古巨兽——肥遗兽，发动了更大规模的掠夺攻势，但神兽战队的5位成员，青炎龙超人叶辉、金火麟超人林聪、银天虎超人张力、红凤凰超人赵燕和绿炫武超人陈锋各显神通，开始了新一轮战斗。最终众人在龙魂的帮助下战胜了咒冥帝。

企图占领地球的咒冥帝被打败掉进一座黑洞监狱——幽冥狱，发现了北斗星王关押着的三十六天罡星机械兽！咒冥帝便利用自己仅存的能力将机械兽逐一传送到地球夺取天罡星盘，企图利用天罡星盘帮助自己逃离黑洞，然后占领地球。地球的守护卫士神兽战队的超人们获得了更强的星甲力量升级为神兽星甲战队，为保护地球与机械兽们展开了一场又一场的战斗……

星盘争夺战结束后，黑暗军团将矛头对准了九重天，想要利用九重天来占领地球，平衡的九重天塌陷为九大天锥降临世界各地，无数人类被吸入其中。九重天的守护神被邪恶力量侵蚀控制，肆虐地球。为解救危机，神兽战队艰难与之抗争，得到希望元神的认可，获得力量，勇闯九重天，同时多次救助和帮助昔日的敌人们令其化敌为友，经历奇幻冒险和重重考验，凭借坚强意志和内心正义，打破黑暗军团的阴谋，最终修复九重天，拯救了人类和地球。

九重天危机后，混元帝为首的黑暗军团在入侵了北斗星后，来到地球利用黑晶通过网络感染地球，使沉迷网络的人们变成黑士兵从而占领地球。神兽战队为解救人类，破除网络恶习，科学利用网络，用传统文化治愈现代伤病，用勇敢、智慧和坚定的信念拯救了地球的励志故事。倡导热情拥抱现实世界，文明探索网络世界，宣扬团结一致维护世界和平的精神，诠释邪恶永远敌不过爱与正义的主题。最终用真心净化黑晶战胜了混元帝。

混元帝为首的黑暗军团想要利用黑晶来黑化月球，在利用月球来灭亡地球，作为地球之盾的月球，亿万年来为人类消灾挡难，当月球沦陷变成攻向地球之矛时，勇敢的少年站了出来，借助神兽力量，成为坚强的地球之盾，成就力量因守护而强大的传奇。最终在众人的努力下，神兽战队利用九天之矛消灭了混元帝。

黑暗大帝组织第一部的计划是消灭神兽战队来解除黑暗大帝的封印。第二部黑暗大帝死后是消灭天神地兽战队和咒冥帝组织来帮助黑暗大帝报仇，第二部42集复仇女与玄冥二怪和天神战队与地兽战队和解，标志着黑暗大帝组织的覆灭。

咒冥帝组织第二部和大电影的计划是掠夺地球的水资源和消灭神兽战队，第三部是夺取天罡星盘来救出咒冥帝和灭亡地球。第四部是用九重天变成的天锥来吸人，从人的体内提取暗原能来达到占领地球的目的。第四部大结局咒冥帝被永远地困在黑洞，阳面姬皮被神兽战队消灭，狼狈组合带着咒冥帝军团的成员改投靠混元帝，标志着咒冥帝组织的覆灭。

混元帝组织第五部的计划是利用黑晶通过人类的网络恶习将人类变成黑士兵，从而占领地球。第六部是黑化月球，再利用月球来灭亡地球。