黄飞鸿（
李连杰饰）与十三姨（
关之琳饰）、梁宽（
莫少聪饰）在广州遇到白莲教徒借「扶清灭洋」口号，捣乱使馆、教堂等洋人地盘也不放过，原来是大臣纳兰元述（
甄子丹饰）包庇用来对付革命党。黄飞鸿在一医学会议中，与革命领袖孙文（
张铁林饰）一见如故，发觉他们对救国更具远见，决助他们一把逃过卮运。黄飞鸿有感时势逆转，遂直捣白莲教总坛，决胜九宫真人（
熊欣欣饰），借此拨开迷信假象。黄飞鸿又奋慨智末开，国运的衰竭，不惜投身与元述死战，为孙文，陆皓东（
姜大卫饰）等人保驾护航。
《
黄飞鸿之一：壮志凌云》后徐克想拍续集，因为一集根本不能完全表现徐克对黄飞鸿的想法。但最开始投资的老板并没有表示，后来看到票房在整个东南亚反响不错才开始投拍的。《黄飞鸿之二：男儿当自强》1992年开拍。当第一集《黄飞鸿》拍完时，徐克心里念念不忘，当嘉禾问他有没有第二集时，他马上说有、有、有。于是立即就有第二集。
武术指导成为了该片剧组的重量级人物，而其中的“武指”之争也正反映着徐克的意旨与风格。拍摄时徐克最早请的是刘家良和刘家荣兄弟。刘家良之父刘湛是林世荣弟子，所以算得上黄飞鸿的真正传人。但两人合作并不愉快，原因是刘家良崇尚真刀真枪真功夫，并坚持此观念。徐克不需要黄飞鸿成为“传统武师”，希望他是个“顽皮小子”，一招一式要潇洒漂亮。徐克希望黄飞鸿跳起来踢“无影脚”，刘家良就大为不屑，说，“这样的电影放出去，洪拳十万弟子都会笑死。”徐克不以为然，“自己的电影拍给全世界的人看。”他并非要拍黄飞鸿的传记片，而是借用这个人物来表达自己的理想。因为创作观念分歧很大，徐克只好另请“武指”，于是换上袁祥仁，但袁祥仁设计的动作又不符合徐克的标准，袁祥仁只好找哥哥袁和平帮忙，最终才拍成。袁和平设计出来的武打动作节奏感极强，而且又契合了徐克“天马行空”超乎常人的想像力。
影片序幕的沙滩晨练，配上《男儿当自强》的音乐，奠定了整部电影阳刚大气的动作风格。而其后更是以动作戏来塑造人物性格，令武戏成为与摄影、音乐同样重要的推动剧情发展的必备元素，成为导演徐克言志的最有力的工具，以借古喻今的形式，准确地表现出香港人在时代转折时的心态。（《新京报》评）
该片赶上了好的时代，在片中，黄飞鸿的扮演者李连杰不仅在外形条件上适合影片对这一人物的要求，而且他中国武术的功底十分深厚，该片拍摄时，中国最好的武术指导和中国最好的两个武打演员都正处于各自的巅峰状态。于是这部片子除了其武侠片的经典地位之外，在动作场面上也达到了一个难以企及的高度，使袁和平天马行空、出手不凡的动作设计得以精彩地体现。（大众网评）