黄河防汛抗旱总指挥部（General manager of Yellow River），是经
国务院同意，国家防总批复黄河防总增加抗旱职能，成立黄河防汛抗旱总指挥部。
黄河防汛总指挥部成立于1950年，主要负责黄河下游的防汛管理。随后根据流域经济社会的发展需要，黄河防汛总指挥部的职责和任务不断调整。1997年，国家防总为进一步发挥流域机构的综合协调作用，调整了黄河防总领导成员，黄委会主任担任黄河防总常务副总指挥。
与此前的黄河防汛总指挥部相比，新成立的黄河防汛抗旱总指挥部一方面在成员单位上有所扩大，从原来的4个省（自治区）和1个军区扩大到了8个省（自治区）和3大军区；另一方面，指挥部的职责和任务也从原来的单一防汛转变为防汛和抗旱并重。
黄河防汛抗旱总指挥部由
河南省省长李成玉任黄河防汛抗旱总指挥部总指挥，黄委主任
李国英任常务副总指挥，青海、甘肃、宁夏、内蒙古、山西、陕西、河南、山东省（区）副省长（副主席）及兰州、北京、济南军区副参谋长担任副总指挥。黄河防汛抗旱总指挥部办公室设在黄委。
黄河防汛抗旱总指挥部的基本职责是贯彻落实《
水法》、《防洪法》、《
黄河水量调度条例》等法规，按照国家防总的要求，组织、指导、协调、监督
黄河流域的防汛抗旱工作。
黄河防汛抗旱总指挥部常务副总指挥、中国
水利部黄河水利委员会主任李国英表示，黄河防汛抗旱总指挥部的成立，是流域经济社会发展需求和黄河水沙关系变化的历史必然，必将在黄河流域防汛抗旱工作中发挥重要作用。