黄河河口管理局是副厅级全民事业单位，下辖东营河务局、河口河务局、垦利河务局、利津河务局四个县级河务局和服务中心、信息中心、经济发展管理局、山东黄河供水局河口分局、东营津泰黄河水利工程维修养护公司、山东乾元集团公司等直属单位，管理局机关内设办公室（监察审计室）、防汛办公室、河务处、水政处、财务处、人事劳动教育处（党群工作部）等部门。全局现有职工1028人，其中在职职工900人。
主管区域
辖区内河道全长138公里，有临黄堤、南展堤、河口堤等堤防334公里；临黄堤险工23处，坝岸642段；控导护滩工程19处；引黄涵闸20座，设计引水能力505立方米每秒，平均年引水量10亿立方米左右，为东营市和胜利油田的开发建设做出了巨大贡献。
部门领导
黄河河口管理局局长：裴明胜
李振玉同志：主持全面工作。
刘建国同志：联系市河长制办公室。
李忠同志：分管防汛办公室、工程管理处，联系河口河务局。
连志军同志：分管办公室、监察审计处、服务中心，联系东营河务局、乾元公司。
李士国同志：负责全局技术工作，分管水政水资源处，联系利津河务局、研究院。
孙志遥同志：主持工会工作，分管工委办公室，协助分管安全生产工作。
主要职责
（一）负责《水法》、《防洪法》、《河道管理条例》等有关法律、法规的实施和监督检查，拟定黄河河口治理开发的政策和规章制度；负责辖区内的水行政执法、水政监察和水行政复议工作，查处水事违法行为；调处辖区内黄河水事纠纷。
（二）根据黄河治理开发总体规划，编制黄河河口综合规划和有关的专业规划，规划批准后，负责监督实施；组织有关建设项目的前期工作；编报黄河河口水利投资年度建设计划。
（三）负责管理辖区内黄河水资源（包括地表水和地下水）；组织拟定东营市黄河水量分配方案，实施水量统一调度和监督管理；组织或指导辖区内涉及黄河水资源建设项目的水资源论证工作；在授权范围内组织实施
取水许可制度。
（四）负责编制东营市防御黄河洪水预案并监督实施；指导、监督辖区内黄河滩区和南展宽区安全建设以及运用补偿工作；负责东营市防汛抗旱指挥部黄河防汛日常工作。
（五）负责授权范围内黄河河道（含河口故道）、水域、滩涂、岸线和堤防（含南展宽区、河口堤）、险工、控导、涵闸等水利工程的管理、保护；负责辖区内黄河水利项目的建设与管理，组建项目法人；根据授权，组织辖区内建设项目的论证、申报、审查、许可工作。
（六）按照规定或授权，负责辖区内黄河水利国有资产监管和运营；依照有关法规计收黄河水费和有关规费；负责辖区内黄河水利资金的使用、检查和监督。
（七）负责黄河河口治理开发与研究和管理现代化建设，组织承担有关科技成果的推广应用、对外合作与交流。
（八）制定黄河河口经济发展规划，组织开展综合经营，发展水利经济。
（九）制定黄河河口职工队伍建设和精神文明建设规划，并组织实施。
单位荣誉
管理局自成立以来，在确保黄河安全、发展产业经济、加强文明建设、支援黄河三角洲开发等方面都取得了显著成绩，连年获得山东河务局“目标管理先进单位”，被东营市授予“十佳文明系统”、“文明行业”、“服务经济建设先进单位”等荣誉称号，连续多年保持了“省级文明单位”称号。
2022年，黄河河口管理局工程管理处被授予“东营市工人先锋号”。