十二岁入西山玉隆万寿宫师事清逸堂朱尊师，朱尊师死后，又得朱师王月航之教。王卒，复得
刘玉器重。黄元吉事刘如父，
刘玉临终前嘱其嗣教，乃于西山择地立玉真、隐真、洞真三坛以授弟子。
至治三年（1323），黄元吉游京师，极得公卿士大夫赞誉。
泰定元年（1324），三十九代天师
张嗣成朝京师，向元廷推荐黄元吉并称“宜表异之”。元廷因之赐号“净明崇德弘道法师、教门高士”，为“玉隆万寿宫焚修提点”。未行，
玄教大宗师
吴全节挽留其住崇真万寿宫。次年卒于京师。遗嘱火葬，弟子负遗剑归西山，由徐慧嗣教，为第三代传人。
黄元吉毕生以阐扬
刘玉学说为己任，其阐释发挥净明忠孝学说的言论，由弟子陈天和编集为《中黄先生问答》，收入《
净明忠孝全书》卷六。他认为“只要除去欲念便是净，就里除去邪恶之念，外而便无不好的行检”；并认为居处端庄、斋戒沐浴、以崇香火，仅是外貌之净，应内外交养，以
达真净。“学者但当行持能净、能明、能忠、能孝，久久至于真净、真明、真忠、真孝”。
他对修道之士崇尚的“真人”。阐释为：“净明教中所谓真人者，非谓吐纳按摩休粮辟谷而成真也，只是惩忿窒欲，改过迁善，明理复性，配天地为三极，无愧人道，谓之真人。”认为十二真君皆慕孝道之教而成真，说明道由心悟，关键是内心的修炼。弟子问及有无罪福因果之事，则答称：“作善降之百祥，作不善降之百殃，积善之家必有余庆，积不善之家必有余殃。……大凡人作善者，譬如下五谷种子，分明是春种秋收，作恶者譬如弯弓入阵，决定有报箭来。”黄元吉继承和弘扬
刘玉的净明忠孝思想，并将刘玉生平言行，
辑为《玉真先生语录》（分内集、外集、别集）三卷。由黄元吉编集，净明道第三代传人徐异校正的《
净明忠孝全书》，是净明道的基本经典。