根据历史文献记载：鹿耳门天后宫，最早建在郑成功登陆之地，即北汕尾屿，当时称作“妈祖宫”，奉祀天上圣母；清康熙五十八年由百官捐俸扩建为“天后宫”。公元1946年，妈祖宫庄民集资重建天后宫，次年春落成，恭迎“鹿耳门妈（祖）”回宫奉祀。
鹿耳门天后宫，属南方寺庙之闽式建筑代表，具备三川五门、三川殿(前殿)、正殿(大殿)、后殿、左右回廊贯通，一气呵成之三殿式格局。正殿主祀“鹿耳门妈（祖）”、镇殿妈祖，配祀关帝圣君、延平郡王、
水仙尊王、四海龙王、观音佛祖、
三官大帝、南北斗星君、福德正神、财神爷、月老公、临水夫人、注生娘娘、太岁星君、文昌帝君。
天后宫为闽式建筑格局为传统南方的寺庙建筑。传说明太祖朱元璋被元兵追赶到一庙中，仓皇躲进八仙桌下，仅见蜘蛛在结网，便说：如能保佑我不被元兵逮捕，日后必当报答洪恩。后朱元璋果真躲过元兵的追捕，于是在重修该庙时，仿照蜘蛛结网图像，于庙殿屋顶建一蜘蛛结网以为酬谢。