鳄形超目（Crocodylomorpha）是群重要的初龙类生物群，包括鳄鱼与它们的近亲。保罗·塞里诺在2005年将鳄形超目定义为：包括尼罗鳄在内，而不包括波波龙、股薄鳄、迅猛鳄、坚蜥在内的最大演化支。 这是个分支基干的定义，所以是包括所有血缘与现存鳄鱼较近，而与其他镶嵌踝类初龙演化支血缘较远的物种。

历史上，所有现存与已灭绝的鳄类都被列入鳄目。但现在基於鳄目单系群的独特性，之前的分类被认为是错误的。 所以，现在的鳄目被限制在所有现存的物种，以及与马氏鳄相关的物种。当它们已灭绝的物种以及基群被研究时，鳄类支系（镶嵌踝类初龙演化支）被证实是非常多样性与高度适应的爬行动物。它们比恐龙还要古老，它们也演化成非常多样的物种。

最早出现的物种是喙头鳄亚目动物群，出现在晚三叠纪，它们是体型修长的陆生动物，体型大小类似猎犬。在白垩纪时期，数种陆生物种演化成草食性，例如Simosuchus clarki与Chimaerasuchus paradoxus。在侏儸纪与白垩纪时期，海生的地蜥鳄科，例如地蜥鳄，演化出桨状的前肢与类似现代鱼类的尾巴。与地蜥鳄血缘相近的达克龙的头颅，已演化成以海生爬行动物为生。

在中生代与早第三纪期间，鳄形超目远比现在还要多样性。三叠纪时期的物种是小型、轻型、活跃的陆生动物。它们在早侏儸纪被多样性的水生与海生爬行动物取代。在晚侏儸纪、白垩纪、第三纪，鳄形超目演化成更多样性的陆生与半水生支系。现代鳄鱼出现于晚白垩纪。

原先的鳄目被分为以下四亚目：

原鳄亚目 (最原始的鳄鱼)

中鳄亚目 (原始鳄鱼)

海鳄亚目 (海生鳄鱼)

真鳄亚目 (相当于现在的鳄目定义)

中鳄亚目是一个并系群，范围是中真鳄类不包括真鳄类还有基础中真鳄类。

以下是从Mikko's Phylogeny Archive网站所提供的详细演化分支图：

鳄形动物 Crocodyliformes

|--Eopneumatosuchus

|-?小鳄 Microchampsa

`-+-?Artzosuchus

|--原鳄亚目 Protosuchia

`--+--Shartegosuchidae科

`--中真鳄类 Mesoeucrocodylia

|-?西蜀鳄 Hsisosuchus

`--+-?戈壁鳄科 Gobiosuchidae

`--+-?Simosuchus

|--Ziphosuchia

`--+-?乌拉圭鳄 Uruguaysuchus

`--+--Araripesuchus

`--+-?Peirosauridae科

`--+--Trematochampsidae科

`--新鳄下目 Neosuchia

|-?Elosuchidae科

|--Peirosauridae科

`--+--科玛绘鳄 Comahuesuchus

|--Itasuchus

|--Atoposauridae科

`--+--+--阔坚齿鳄Eutretauranosuchus

| `--+-?+--森林鳄科 Dyrosauridae

| | `--+--肌鳄 Sarcosuchus

| | `--Terminonaris

| `--+--大头鳄科 Pholidosauridae

| `--+--海鳄亚目 Thalattosuchia

| `--+--Pelagosuchus

| `--+--真蜥鳄科 Teleosauridae

| `--地蜥鳄科 Metriorhynchidae

`--+--稜角鳞鳄科 Goniopholididae

`--+--伯尼斯鳄 Bernissartia

`--+--Gilchristosuchus

|--Rugosuchus

|-?副短吻鳄科 Paralligatoridae

`--真鳄亚目 Eusuchia

|--Hylaeochampsa

`--+--Allodaposuchus

`--鳄目 Crocodilia

原先的鳄目与真鳄亚目定义不能准确地代表这群生物的演化。现今被认为有效的目级分类是现今的鳄目定义。史前鳄鱼有许多分类，但自从少数古代物种被发现後，到目前为止，还不能划分新的目级分类。