单细胞，多为圆柱形、椭圆形、纺锤形、卵形或多角形。原生质体分泌一层果胶质的被膜，外有成覆瓦状或螺旋状排列的鳞片，随种不同而异。许多种的鳞片有硬刺。细胞中具有2块片状色素体，周生，少数1块。细胞前端具一个大的不收缩的液泡，并具3至几个能收缩的液泡。同化产物为白糖体，多位于细胞基部，呈圆球形。单核，核仁明显，一条鞭毛插入细胞前端，另一条不发育。

繁殖为细胞纵分裂，无性生殖产生动孢子或静孢子。

鱼鳞藻属约有60种，多为湖泊池塘中的浮游种类，有的种类也在泥炭水体中生长，可作为鱼虾的饵料及微污水生物带的指示生物。中国常见的有：尾鱼鳞藻、延长鱼鳞藻和伸长鱼鳞藻。