整条藻丝粗细一致，或在其两端稍变细；藻丝直或弯曲，或作不规则绕曲，有的藻丝外面有透明、无色的水样胶鞘。细胞一般为球形或腰鼓形，少数为圆柱形，偶见大型的异形细胞，但决不呈盘形。
营养细胞的
原生质体均匀或有颗粒，有的充满许多伪空胞。异形胞一般与营养细胞同形，但略大些，单个地间生，一条藻丝上往往有数个异形胞。厚壁孢子或仅生在异形胞的一侧或两侧，或仅在远离异形胞处发生，单一或数个相接成串，常大于营养细胞，一般为圆球形或两端变圆的圆柱形。每条藻丝亦呈念珠状。
约100种，中国已报道有31种和8个变种。绝大多数是淡水产，生长在水中或湿地上；本属多数是浮游藻，另外有极少数的种生活于维管植物的组织间隙，营共生作用，例如在满江红（又称红萍）的叶腔中的满江红鱼腥藻，在苏铁的珊瑚状根中的苏铁鱼腥藻。该属中有34种(不包括变种)已报道有固氮作用；中国已发现的固氮种有10余种(不包括变种)，如苏铁鱼腥藻、满江红鱼腥藻、
固氮鱼腥藻、水华鱼腥藻、雷万鱼腥藻、螺旋鱼腥藻、
多变鱼腥藻，类颤鱼腥藻等。该属中的一些种如螺旋鱼腥藻、水华鱼腥藻和卷曲鱼腥藻等，在池塘湖泊中往往形成水华，悬浮水中而非形成水表面的浮渣，是水体富营养化的一个标志。
有的水华含有有毒物质。水华鱼腥藻具有毒株，含有鱼腥藻毒A、B、C和D，其中鱼腥藻毒A研究较充分，是一种低分子量的含氮的生物碱，对动物的最低致死剂量为每千克体重250微克。
该属和
念珠藻属(Nostoc)类似，二者的主要区别在于：①本属的厚壁孢子常大量在异形胞间形成，后者仅形成少数厚壁孢子。②本属群体无坚韧定形的总胶被，念珠藻有。