鱼卡河源于青海省海西蒙古族藏族自治州大柴旦行政委员会大柴旦镇喀克吐蒙克山。

南西西流至马海滩出山区，逐渐转北西西流，经格尔木农场马海分场时，河道分流多股，主河槽进入马海渠，出马海渠过小兵营注入宗马海湖。在出山口前汇入鱼卡河干流的较大支流有:哈尔昆德、格奇策尔根、巴嘎拜勒旦尔河、伊克拜勒旦尔河和伊克策尔根河，出山口后在小兵营有嗷唠河汇入。鱼卡河集水面积2 352平方公里，河道长118. 63公里，多年平均流量2. 88立方米/秒，多年平均含沙量1. 29公斤/立方米。