高捷弊案起源于2005年8月中旬，高雄捷运捷运工程所雇佣的1700名泰籍外劳，因不满被克扣加班费及被公司管理方严苛对待，在宿舍内暴动，抗议人力中介华磐公司进行剥削。

高捷案是陈哲男的“经典之作”。但该案如今仅因陈哲男接受华盘招待以图利罪（而非贪污罪）起诉，避重就轻，形同吃案。该案显示，陈哲男与林文渊之相互支援，是高捷案闹到如此无法无天之地步的主要原因；其间，“总统府”命陈哲男主导外劳事务，及“劳委会”积极配合，皆是历历在目，无所遁形。

从而揭发出官办的高雄捷运工程公司疑将招揽外劳的工作，非法授给华盘仲介公司，双方疑涉及伪造文书、利益输送、收受回扣、剥削泰劳，从中牟取每年高达一亿五千万新台币暴利。事件轰动台湾，继而引发政坛大震动。

有关部门介入调查后，涉嫌是案中重要人物的陈哲男辞去“总统府国策顾问”职务；负责劳工事务的台“行政院”“劳委会主委”陈菊，以及高雄市代理市长陈哲男之子陈其迈相继引咎辞职。另一名涉案人物、高捷公司前副董事长陈敏贤也辞去“总统府顾问”职务。

暴动使华磐公司自2001年以来非法引进外劳从中牟取暴利的行为浮上台面。但更叫人震惊的是，台湾媒体揭发出事件背后可能涉及官商勾结，盛传有“有力人士”介入，促使“劳委会”改变政策批准高雄捷运引进外劳，为华磐非法争取到承包泰籍劳工的合同。

对于涉案的“有力人士”，外界矛头直指两个人：一是事发期间担任高捷公司前副董事长的陈敏贤，另一位是更接近陈水扁政权核心的前“总统府副秘书长”陈哲男。双陈在事迹败露时，身份都是“总统府顾问”。

事件愈演愈烈，已调离“总统府”的陈哲男迫于压力，10月初辞去“国策顾问”一职。

2005年10月初，陈水扁下令高雄市代理市长叶菊兰成立高捷案调查小组，“放手彻查”包括“行政院长”谢长廷等人在内的历任高雄市长是否应负行政责任。外界质疑陈水扁此举是“围魏救赵”，以摆脱自身可能要承担的责任。

2005年10月26日、27日，台TVBS电视台连续两天播出扁亲信陈哲男、陈敏贤在韩国赌场豪赌的照片，以及台“行政院”函送“总统府”引进泰籍劳工的公文，直指陈水扁不但对整件事完全知情，甚至是丑闻的源头。

2005年10月30日，陈水扁为事件向台湾民众表示道歉，但坚称不知情，并表示如果自己涉案，愿意下台。身兼国民党主席的台北市长马英九痛斥陈水扁的不知情说是“欺瞒天下人”，他还希望警方能彻底调查，让全案能真相大白。

2005年10月31日，陈水扁手下重臣、前“总统府”副秘书长陈哲男，涉嫌在高雄捷运舞弊案中贪污，被检方列为被告传讯，严重影响民进党年底县市长选情。民进党紧急采取补救措施，昨天决定开除陈哲男党籍，五年内不得申请入党。

2007年8月24日，高雄地院一审宣判，以罪证不足判陈哲男无罪。高雄高分检上诉。

2009年1月15日，高雄高分院认为，无证据证明陈哲男协助华磐取得泰劳管理合约，二审宣判陈哲男无罪。

2009年2月24日，检方认为判决没有违背法令，所以不向法院提起上诉，陈哲男无罪确定。